Action Incitative Collective TransformON

Site de l'unité BIA INRAE
BIA à la Une
Projets phares
Action Incitative Collective TransformON

Action Incitative Collective TransformON

L' AIC TransformON porte une action collective visant à construire une ontologie spécifique aux domaines de recherche du Département TRANSFORM sur le périmètre Alimentation, Agriculture, Environnement et à élaborer une méthodologie et des outils permettant de maintenir cette ontologie et de la faire évoluer.

Les procédés et les bioprocédés sont  au coeur des activités de recherche du Département TRANSFORM (Sciences pour l’ingénierie des aliments, des produits biosourcés et des résidus de l’activité humaine) créé au 1er janvier 2020 au sein du nouvel Institut INRAE.
En effet, les recherches menées au sein de TRANSFORM  portent sur les processus de transformation de matières organiques en aliments et produits bio-sourcés et  la valorisation des déchets d'origine agricole ou alimentaire. Ces recherches s'articulent autour de deux grands axes structurants qui sont la promotion d’une alimentation saine et durable et la bioéconomie.
Dans cette AIC, notre objectif est de vérifier qu’il est possible de construire un vocabulaire contrôlé unique, unifié, bilingue (français/anglais), permettant de couvrir l’ensemble des domaines de connaissances générées par TRANSFORM sur les itinéraires de construction/déconstruction de la qualité des aliments et des bioproduits, en lien avec les bénéfices/risques pour la santé humaine et l’environnement. Ce référentiel termino-ontologique doit  permettre une meilleure interopérabilité des données et des outils actuellement développés dans le département TRANSFORM, afin de pouvoir intégrer des données hétérogènes et améliorer les échanges entre bases de données ayant des structurations différentes, facilitant ainsi notre capacité à mobiliser les connaissances acquises sur la complexité des bioressources et leurs procédés de transformation.
Ce travail se basera sur les développements réalisés précédemment pour l’intégration de données dans deux bases de données élaborées depuis une dizaine d'années dans le cadre de différents projets de recherche : les  bases @Web et BaGaTel qui sont basées sur deux modèles d'ontologie différents.
La base de données BaGaTel est structurée selon l’ontologie PO² (Process and Observation Ontology) qui permet de représenter des itinéraires de transformation et les différents paramètres de contrôle associés à une opération unitaire ou à une étape de caractérisation à une échelle donnée.
 
schém-TransformON
Le travail consiste à harmoniser les vocabulaires existants et  de restructurer les différentes ontologies de domaines pour produire un vocabulaire unifié servant de référentiel. Ce référentiel aura pour vocations à terme de i) pouvoir référencer des données internes à nos projets TRANSFORM et INRAE et ii) pouvoir annoter des ressources externes issues de la littérature.
Afin de réconcilier les différents vocabulaires de domaine, un travail de définition des termes sera réalisé avec des experts de chaque domaine. Des alignements avec des ressources sémantiques et des référentiels existants au niveau international seront également recherchés.
Cette démarche s’inscrit dans le processus global de la science ouverte (Open Science/ Open Data), impliquant la mise en œuvre des principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) et les technologies du web sémantique.

  • Durée du projet : 2 ans (2021-2022)
  • Financement : Département TRANSFORM (20 k€/ an)
  • Coordination : Magalie Weber,  INRAE-BIA
  • Partenaires impliqués :
    • Département TRANSFORM : UR BIA, UMR CSGA, UMR SayFood,  UMR IATE
    • Département MATHNUM : UMR MIA-Paris
    • Plateforme PLASTIC
    • DipSO : pôle Numérique pour la Science

Date de modification : 11 septembre 2023 | Date de création : 21 mars 2021 | Rédaction : M Weber