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Les maladies endémiques circulent en permanence et peuvent générer de lourdes pertes en élevage à moyen ou long terme. Lutter contre ces maladies est essentiel pour une agriculture durable et des chaînes agroalimentaires compétitives. Des collaborations scientifiques interdisciplinaires entre biologistes, économistes et modélisateurs ont mis en exergue comment la modélisation mathématique en épidémiologie contribuait à mieux comprendre et prédire la circulation de ces maladies, ainsi qu’à guider leur maîtrise à toutes les échelles, depuis l’animal jusqu’aux territoires et aux filières de production primaire. Les défis scientifiques et méthodologiques qui persistent néanmoins pour proposer des options de maîtrise ciblées et en évaluer l’impact ont été recensés. La prise de décision stratégique des éleveurs reste à inclure pour mieux appréhender le compromis entre gestion individuelle et gestion collective et orienter au mieux les incitations. Intégrer la réponse immunitaire des hôtes à l’infection permettrait par ailleurs d’affiner les interventions, notamment thérapeutiques et préventives (vaccination). Enfin, nourrir les modèles de données observables en élevage permettrait d’en accroître le réalisme et l’utilité pratique, pour un appui aux politiques publiques ou privées collectives.

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Les maladies infectieuses épidémiques (rouge) provoquent des pertes importantes sur de courtes périodes, tandis que les maladies infectieuses endémiques (orange) persistent et peuvent entraîner une incidence cumulée importante. La collecte de données est nécessaire pour évaluer l'impact des maladies et évaluer l'efficacité des stratégies de maîtrise.