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Membres du jury :

• Rapporteurs avant soutenance :
  • Cécile VIBOUD, Staff scientist, International Center, National Institutes of Health, États-Unis
  • Samuel ALIZON, Directeur de recherche, CNRS, Montpellier, France
• Examinateurs :
  • Catherine LINARD, Professeure, Université de Namur, Belgique
  • Sébastien LEQUIME, Professeur assistant, Université de Groningen, Pays-Bas
  • Frédérick ARNAUD, Directeur de recherche, INRAE, Lyon, France
• Directeur de thèse :
  • Pauline EZANNO, Directrice de recherche, INRAE, Nantes, France
• Co-encadrant de thèse :
  • Raphaëlle MÉTRAS, Chargée de recherche, INSERM, Paris, France
  • Renaud LANCELOT, Vétérinaire épidémiologiste, CIRAD, La Réunion

Résumé :

La fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une maladie virale, vectorielle, et zoonotique. Elle touche principalement les animaux d’élevage : bovins, chèvres, moutons. Nous visions à mieux comprendre la contribution des différentes espèces d’hôtes à la transmission du virus de la FVR, en prenant comme zone d’étude le Sénégal. Une revue de la littérature nous a permis de caractériser la diversité des modèles mathématiques existants, et les questions que ces derniers n’ont pas encore abordé concernant la FVR. Nous avons ensuite cartographié le potentiel épidémique de la FVR au nord du Sénégal, et avons montré que pendant 3 saisons des pluies consécutives (2014-2016), le mois de Septembre était la période la plus à risque. Pour quantifier de potentielles différences d’infectiosité entre espèces d’hôtes à l’échelle individuelle, nous avons développé un modèle intra-hôte de la dynamique virale, et avons fait le lien avec la probabilité d’infecter les vecteurs. Nos résultats montrent que les moutons sont l’espèce la plus infectieuse, et que les moustiques du genre Aedes s’infectent plus facilement que les Culex. Enfin, nous avons incorporé cette hétérogéneité dans une métapopulation modélisant les mouvements de transhumance saisonniers au nord du Sénégal. Cela nous a permis de quantifier le délai entre l’introduction du virus de la FVR par les populations nomades et la propagation de l’infection chez les sédentaires. Nous avons également mis en évidence une infection systématiquement plus précoce chez les bovins que chez les petits ruminants. Cette thèse a ainsi permis de mieux comprendre la dynamique de transmission d’un pathogène multi-hôtes et d’identifier des pistes pour l’élaboration de stratégies de maitrise ciblées et efficaces.

Mots clés :

fièvre de la Vallée du Rift ; modélisation mathématique ; maladie vectorielle ; multi-hôte ; Senegal