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Membres du jury :

• Rapporteurs :
  • Nathalie CAROFF, Professeur, Université de Nantes, France
  • Samira SARTER, Cadre supérieur, Cirad, Montpellier, France
• Examinateurs :
  • Brigitte LAMY, Maître de conférence, Université Côte d'Azur, CHU de Nice, France
  • Ségolène CALVEZ, Maître de conférence, Oniris, Nantes, France
  • Pascal SANDERS, Directeur de recherches, ANSES, Fougères, France
• Directeur de thèse : Hervé POULIQUEN, Professeur, Oniris, Nantes, France
• Co-directeur de thèse : Didier LEPELLETIER, Professeur, Université de Nantes, CHU de Nantes, France
• Co-encadrant de thèse : Emmanuelle MOREAU, Professeur, Oniris, Nantes, France

Résumé :

Des alternatives fonctionnelles à base de prébiotiques et d’huiles essentielles (PEA) contre la furonculose due à Aeromonas salmonicida subsp salmonicida (ASS) sont envisagées pour réduire l'utilisation d'antibiotiques et peut-être les bactéries résistantes aux antibiotiques (ARB) et les gènes de résistances (ARG). Les résultats in vitro ont montré une activité antibactérienne efficace du PEA par la méthode de microdilution. Pendant 11 semaines d'une étude in vivo sur 600 truites arc-en-ciel (TAC), le PEA a amélioré quelques paramètres d'immunité, la prise vaccinale, la protection des poissons contre l'infection ASS ainsi que les performances de croissance après l'inoculation ASS, mais l'augmentation de la résistance à la maladie n'a pas été observée. Une étude de sept mois sur deux fermes de TAC n'a pas montré l'effet protecteur du PEA sur l'une des fermes atteinte de furonculose dans laquelle un traitement antibiotique a été effectué. Des échantillons de poissons, d'eaux et de biofilms provenant de ces fermes ont révélé que l'occurrence et l'abondance des ARB et ARG dépendaient de l'origine d'Aeromonas, de l'utilisation d'antibiotiques et de la présence d'activités en amont. Le lien entre les poissons et leur environnement par la détection identique d'ARB et d'ARG ainsi qu'un risque élevé de développement d'ARB et d'ARG dans les milieux aquatiques ont été observés. Les résultats de ces études ont montré jusqu'où il convient encore aller dans le développement d'alternatives efficaces pour réduire l'utilisation d'antibiotiques ainsi que diminuer la transmission généralisée d’ARB et d’ARG dans l'écosystème aquatique en lien avec l'homme et l’animal.