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La filière aquacole est un modèle intéressant car elle peut être considérée comme une interface entre l’environnement (effluents de station de traitement des eaux, cultures, élevages, eaux des rivières etc…) et le filet de poisson. Cependant, peu d’études ont permis de décrire la diversité des communautés bactériennes des filets de poissons frais, depuis l’environnement de la ferme jusqu’à l’environnement de l'usine.

Dans cette étude, le microbiote bactérien et son profil de résistance aux antibiotiques d’un panel de 56 filets ont été décrits à l’aide de méthodes d’extraction adaptées à cette matrice dont le niveau de flore naturelle est faible, et de méthodes de séquençage par amplicon du gène de l'ARNr 16S, par qPCR haut débit par la technologie Smartchip Realtime PCR, et par le dosage des résidus d'antibiotiques par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse. Les filets étaient issus de truites élevées dans deux fermes situées en amont et en aval d’une même rivière, levés en usine ou en conditions stériles de laboratoire. Le microbiote des filets (muscle et peau) est dominé par les genres bactériens Pseudomonas, Escherichia-Shigella, Chryseobacterium et Carnobacterium.

Des variations au sein du microbiote ont été observées pour les communautés bactériennes les moins abondantes en fonction de la localisation de la ferme ou des conditions de filetage. Sur les 73 résidus d'antibiotiques recherchés, seuls des résidus d'oxytétracycline ont été détectés dans 23% des filets, mais tous à une dose inférieure à la limite maximale autorisée dans l'Union européenne. Sur les 248 gènes de résistance recherchés, 17 étaient présents dans au moins 20% de la population de truites mais à des concentrations très faibles (résistance à la tétracycline, aux b-lactames, aux macrolides et à la vancomycine, etc.). A l’échelle de cette étude, les filets de poissons étudiés étaient pas ou peu porteurs d’éléments pouvant participer à l’antibioresistance (résidus, gènes et bactéries).

Partenaires : cette étude a été réalisée par les unités INRAE-Oniris SECALIM et BIOEPAR, avec le soutien financier du RFI Food For Tomorrow (Région des Pays de la Loire).

Publication associée : Helsens, N., S. Calvez, H. Prévost, A. Bouju-Albert, A. Maillet, A. Rossero, D. Hurtaud-Pessel, M. Zagorec and C. Magras 2020. Antibiotic resistance genes and bacterial communities of farmed rainbow trout fillets (Oncorhynchus mykiss). Frontiers in Microbiology 11(3070). https://doi.org10.3389/fmicb.2020.590902.

Projets de recherche menés sur l'antibiorésistance chez les poissons :

• Alter for fish (A2F) - Efficacité et innocuité d’alternative(s) aux antibiotiques pour le poisson d’élevage
  (projet Ecoantibio 2 : 2018 – 2020)

Du fait de la localisation de la production piscicole en milieu ouvert (rivière, étangs), l’usage d’antibiotiques dans cette filière participe au développement de bactéries ichtyopathogènes antibiorésistantes (ABR) et à la diffusion dans l’environnement de bactéries et de gènes ABR et de résidus d’antibiotiques pouvant avoir un impact sur la santé publique. La réduction de l’utilisation des antibiotiques et la prévention de l’antibiorésistance sont des enjeux nationaux et internationaux qui requièrent des travaux de recherche relatifs à la prévention sanitaire, zootechnique et médicale des maladies infectieuses et notamment au développement de méthodes de biocontrôle. L’objectif du projet A2F vise à i) identifier des possibilités de pratiques et traitement « alternatif » qui visent à réduire l’usage des antibiotiques et les conditions de leur adoption sur le terrain via des entretiens de recherche qualitative auprès d’éleveurs de Truites arc-en-ciel et de vétérinaires aquacoles, ii) déterminer leur efficacité et leur innocuité contre la furonculose de la truite Arc en Ciel en conditions expérimentales et à évaluer l’impact de leur administration sur l’usage d’antibiotiques et le risque de développement de bactéries ABR chez le poisson et dans son environnement en conditions d’exposition naturelle en élevage

Contacts (unité BIOEPAR) : Ségolène Calvez, Emmanuelle Moreau

• ANTIBIOFISH - évolution de l’antibiorésistance des souches d’Aeromonas et de Yersinia ruckerii isolées de poissons malades sur les 40 dernières années

L’utilisation d’antibiotiques dans les élevages intensifs contribue à l’émergence de bactéries résistantes à ces molécules, limitant l’efficacité des traitements disponibles aussi bien en médecine vétérinaire qu’en médecine humaine. Les phénomènes d’antibiorésistance observés ces dernières années constituent, dans ce contexte, une préoccupation importante en santé publique humaine et animale. Il n’existe pas, pour la filière piscicole, de plan de surveillance permettant d’évaluer la prévalence des bactéries résistantes au niveau des élevages ou dans les ateliers de filetage ou de transformation.

Le projet ANTIBIOFISH vise à
- Constituer un souchier par mutualisation des collections des partenaires
- Cultiver, identifier et caractériser des profils d’antibiorésistance des souches
- Créer une souchothèque commune

Contacts BIOEPAR : Ségolène Calvez