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La diversité très variable des souches de 2 bactéries majeures impliquées dans les maladies respiratoires des jeunes bovins suggère des origines d’infection différentes. Pour Mannheimia haemolytica plusieurs clones (pulsotypes) ont été retrouvés lors d’épisodes de bronchopneumonies infectieuses (BPI) en début d’engraissement. En revanche, pour Mycoplasma bovis un seul clone était présent lors des épisodes à forte prévalence. Ces résultats permettent de mieux comprendre la dynamique de transmission de ces agents et permettront à terme de mieux adapter les mesures de contrôle des BPI.

Les baisses de performances de reproduction et de production de lait associée à l’infection d’un troupeau bovin laitier par le virus de la Bluetongue sérotype 8 (BTV-8) sont importantes et durent plusieurs semaines. Des dégradations marquées des performances ont également été mises en évidence dans les troupeaux situés en zone infectée mais non notifiés par le système de surveillance. Ceci montre que l’impact de l’épizootie a été très supérieur aux effets décrits dans les troupeaux notifiés. Un effet secondaire de la vaccination sur la fertilité a été identifié mais est très limité comparativement aux effets de l’infection.

Plusieurs publications ont rapporté la présence de la bactérie intracellulaire Wolbachia – connue pour être un symbiote obligatoire chez certains nématodes ou une manipulatrice de la reproduction chez certains insectes - chez certaines tiques. Nos investigations ont permis de montrer que la présence de Wolbachia dans la tique Ixodes ricinus est en fait due à la présence cryptique d’un hyménoptère endoparasitoïde qui se développe à l’intérieur de l’acarien.

Chez Flavobacterium psychrophilum isolé de Truite arc-en-ciel en France, le niveau de variabilité génétique s'est révélé beaucoup plus faible pour des isolats cliniques que pour des isolats issus de porteurs asymptomatiques. La recombinaison est un déterminant majeur de cette diversité, et une structure de population de type épidémique a été démontrée. Pour cette étude, deux méthodes de typage de niveaux de discrimination similaires ont été utilisées (MLST et PFGE).