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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2021

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Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque en santé animale

BIOEPAR - http://www6.angers-nantes.inra.fr/bioepar

Alumni

Ils sont passés chez nous en 2021 :

Alonso Sylvie

Après l’obtention de son diplôme, en 1978, Sylvie Alonso a travaillé comme employée de bureau dans une société de Transport. Puis à partir de 1981 et jusqu’en 2004, elle a exercé les fonctions de secrétaire de direction à l’atelier « Le Bois Doré » à Nantes. Elle assurait auprès du chef d’entreprise la gestion commerciale, le secrétariat administratif et commercial, et la comptabilité.

Elle a rebondit sur un CDD de 2004 à 2006 à l’École Nationale Vétérinaire aux services de Médecine interne et de Parasitologie. En 2006, elle a réussit le concours d’adjoint administratif à l’INRA et a été recrutée dans l’unité IHPM à Oniris. En 2012, elle a validé un BAC Pro Secrétariat et a intègré le corps des techniciens de recherche. Elle a coordonné et a réalisé des activités d’appui à la recherche en gestion administrative, financière et ressources humaines (gestion contrats de recherche, gestion des budgets de l’unité, appui au pilotage de l’unité, gestion du personnel) au sein de l’UMR BIOEPAR. Aujourd'hui, elle est partie en retraite.

Bareille Servane - Master 2

Servane Bareille a été accueillie à BIOEPAR (DYNAMO), en stage de M2 du master MODE (modélisation en écologie) de Rennes. Elle a analysé les retours des équipes internationales impliquées dans le challenge de modélisation ASF-Challenge qui touche à sa fin. Ces équipes tentent depuis plusieurs mois de prédire la suite d'une épidémie ... de peste porcine africaine et d'évaluer la pertinence d'actions de maîtrise. Elle a identifié parmi les méthodes de modélisation mobilisées par les équipes celles les plus prometteuses pour guider la décision publique selon les questions adressées.

Berquier Florian - Master 2

Florian Berquier (M2 de Rennes) a rejoint l'équipe TIBODI. Il a travaillé sur la mise au point de l'amplification des gènes utilisés comme marqueurs de diversité génétique chez les piroplasmes responsables de la piroplasmose équine. Il a été parmi nous jusqu'au 28 Mai 2021.

Bourriau Anaïs

Nous avons accueilli Anaïs Bourriau du 10 mai jusqu'au 25 juin 2021 dans l'équipe TIBODI en stage de BTS. Le sujet de son stage était sur l'analyse de la transmission de Theileria equi par les tiques.

Constancis Caroline

Caroline Constancis, diplômée à Agrocampus Ouest, a été accueillie BIOEPAR en tant que doctorante universitaire. Elle a été encadrée par Christophe Chartier,  Nadine Ravinet et Florence Hellec (sociologue dans l'unité Aster (INRA SAD) à Mirecourt) pour travailler sur les avantages techniques et sanitaires des nouveaux modes de conduites des veaux laitiers sous une nourrice en agriculture biologique (du point de vue des éleveurs à la quantification des effets sur la santé). Au delà de la description de ces conduites innovantes qui sont pour l'instant peu documentées, Caroline a évalué l'impact sur la santé des veaux et analysé la stratégie d'innovation des éleveurs ayant fait le choix de travailler ainsi pour l'élevage des veaux.

Cécilia Hélène

Pour obtenir son diplôme d’ingénieur en bioinformatique et modélisation à l’Institut National des Sciences Appliquées (INSA) de Lyon, Hélène a réalisé son stage de fin d’études à Bristol, au Royaume-Uni, au sein du Bristol Robotics Laboratory, au cours duquel elle a travaillé sur l’élaboration d’un modèle basé-agent simulant la propagation de nanoparticules dans une tumeur cérébrale. Ce modèle fût testé sur un essaim de 1000 robots (Kilobots) qu’elle avait également contribué à construire pendant son stage.

Après cette expérience à l’international, Hélène a rejoint l’équipe de Bioepar en tant qu’ingénieur d’études en modélisation. Elle a travaillé sur un modèle spatio-temporel de dynamique de populations de mouches tsé-tsé (Cecilia et al. 2019) basé sur des données issues de la campagne d’éradication menée au Sénégal par le CIRAD, partenaire du projet. Ce modèle doit permettre l’élaboration de stratégies de lutte efficaces contre cette espèce vecteur.

Après une année sabbatique en partie passée à sillonner les routes d'Asie du Sud-Est, Hélène est revenue à Bioepar pour commencer son doctorat en octobre 2018. Elle a travaillé sur l'élaboration d'un modèle capable de comprendre et prédire la propagation et la persistance de la fièvre de la Vallée du Rift en Afrique de l'Ouest dans le cadre du projet FORESEE. Elle a été co-encadrée par Pauline Ezanno (Bioepar), Raphaëlle Métras (INSERM, IPLESP, UMRS-1136) et Renaud Lancelot (CIRAD, UMR Astre).

Daveu Romain

Il a été accueilli à BioEPAR au sein du groupe TiBoDi en tant que doctorant. Son sujet s’intitulait « Rôle de Midichloria mitochondrii, bactérie endosymbiotique de la tique Ixodes ricinus, dans la physiologie de son hôte ». Il a été encadré par Olivier Plantard et Davide Sassera de l’Université de Pavia (Italie), où il a effectué sa deuxième année de thèse.

Deflesselle Camille

Camille Deflesselle (ESIEE Paris) a rejoint l'équipe DYNAMO du 19 avril au 6 août 2021. Elle a travaillé sur le développement de représentations graphiques des modèles et des sorties de simulation dans les systèmes d'élevage fortement structurés, en appui à la thèse de Vianney Sicard.

Ferrand Pauline

Pauline Ferrand a effectué son stage au sein de l'équipe TIBODI du 1 Mars au 16 Juillet 2021. Elle a préparé une licence professionnelle et son sujet s'inscrit dans le projet PiroGoTick : détection moléculaire et visualisation de T. equi dans les organes de tiques.

Fuertes Coralie

Nous avons accueilli Coralie Fuertes pour un stage sur la résistance à la colistine jusqu’à fin juillet. Son sujet était la mise en place et étude de l'apport d'une ontologie intégrant les données relatives aux maladies des monogastriques d'élevage.

Hayatgheib Niki

Médecin vétérinaire, Niki HAYATGHEIB a rejoint BioEPAR au sein du groupe APPIFISH en tant que doctorante. Son sujet de thèse a porté sur l'évaluation de l’efficacité et de l’innocuité d’alternatifs aux antibiotiques dans la filière piscicole : vers une diminution du développement et de la diffusion de bactéries antibiorésistantes chez le poisson, dans son environnement et chez les pisciculteurs ? Elle a été encadrée par Hervé Pouliquen, Didier Lepelletier (Unité MiHAR, CHU Nantes) et Emmanuelle Moreau.

Les objectifs de la thèse ont été :

  • d’évaluer l’efficacité et l’innocuité d’un produit alternatif contre la furonculose à Aeromonas salmonicida sub salmonicida (Ass) chez la truite Arc en ciel en conditions d’infection contrôlée et en condition d'élevage.
  • d’étudier le risque de diffusion de bactéries antibiorésistantes et de gènes de résistance depuis les poissons et de leur environnement (eau, biofilm, sédiment) vers les pisciculteurs.

Helsens Nicolas

Nicolas Helsens a rejoint BIOEPAR et SECALIM . Son sujet de thèse s'est porté sur la « Caractérisation des communautés bactériennes et des gènes de résistance aux antibiotiques dans le poisson d’élevage », dans le cadre du projet Foodresistome (RFI). Il a été encadré par Catherine Magras (directrice de thèse SECALIM), Ségolène Calvez (BIOEPAR) et Hervé Prévost (SECALIM).

Joary Maïwenn

Maïwenn Joary (Master 1 Cartographie et Gestion de l’Environnement, parcours Biologie Écologie à l’UFR de Nantes) a réalisé son stage du 3 mai au 9 juillet 2021 dans l'équipe TIBODI sur la "Mise au point d’un dispositif expérimental permettant de mesurer l’activité de tiques (Ixodes ricinus) en conditions contrôlées à partir d’éthoscopes".

Larramendy Stéphanie

Stéphanie Larramendy (qui a une double formation d’Ingénieur Agronome et de Médecin) est déjà en activité professionnelle (Chef de Clinique Universitaire au département de Médecine Générale de la faculté de Nantes, et médecin généraliste en cabinet libéral). Elle a conduit ses travaux de thèse (Déterminants territoriaux et collectifs des infections communautaires à bactéries BLSE.) concomitamment à ses autres activités.

Mallard Marie-Astrid

Ingénieure d'études. Thèmes de recherche: Parasitologie des bovins (dont Strongles Gastro-Intestinaux et Tiques), Immunologie, Sérologie, Coprologie, Biologie moléculaire.

Mercat Mathilde

Son projet de thèse a visé à développer des méthodes d'analyses "output-based" pour la surveillance en santé animale basé sur l'étude la BVD. Ce projet de thèse a été intègré dans le projet européen (STOC FREE) financé par le European Food Safety Authority (EFSA). L’objectif du projet a été de développer un outil standardisé de surveillance épidémiologique de maladies des bovins estimant des probabilités d’absence d’infection à partir de données dont la nature et l’origine peuvent être variées. Le développement de l’outil a été fait à partir de données collectées en Europe pour la maîtrise du virus de la diarrhée virale bovine. Ces données peuvent être très diverses : résultats de test biologiques recherchant des antigènes, des anticorps… réalisés sur sérum, sur lait… sur un animal ou sur un groupe d’animaux, des facteurs de risques en lien avec la conduite de l’élevage. Diverses méthodes statistiques ont été comparées sur la base de leur capacité à prédire une probabilité d’infection. Le modèle retenu a permit des études à différents niveaux d’agrégation : individuel, troupeau, région. Il devra également pouvoir être adapté à la surveillance d’autres maladies. Elle a été encadrée par : Aurélien Madouasse, Christine Fourichon.

Morel Hannah

Hannah Morel (M2) a travaillé sur les nouvelles stratégies d'accompagnement des éleveurs sur la base des réunions participatives dans le cadre du PEI UniFilAnim Santé.

Morel-Journel Thibaut

Après une thèse à l’Institut Sophia Agrobiotech (UMR INRA 1355, CNRS 7254, UNS) défendue en 2015 et un séjour postdoctoral à l’Earth and Life Institute (Université Catholique de Louvain) grâce à une bourse « Move-In-Louvain » (co-financée par les Actions Marie Curie), Thibaut est venu travailler à Oniris dans l’unité BIOEPAR à partir d’octobre 2018. Ses thématiques de recherche concernent les dynamiques spatiales à différentes échelles, appliquées à la biologie des populations ou à l’épidémiologie. Ses travaux de thèses ont aidé à mieux comprendre comment la structure spatiale de l’aire d’introduction modifie la réussite des introductions d’espèces envahissantes, en utilisant de simulations numériques stochastiques et des expérimentations en microcosmes. En utilisant des méthodes similaires durant son premier postdoc, il a également étudié l’interaction le comportement des individus et la structure spatiale des métapopulations, ainsi que leur impact sur leur résilience après une perturbation. A Oniris, il travaillait au sein du projet Sant’Innov afin d’étudier les méthodes de réallocation des mouvements des jeunes bovins de boucherie lors de leur transfert vers des fermes d’engraissement, afin de réduire les risques épidémiologiques.

Peroz Carole

Maitre de conférences. Thèmes de recherche: Santé publique vétérinaire, Réglementation sanitaire, Épidémiologie, Maladies infectieuses-zoonoses, Cytométrie en flux

Planes Tristan

Nous avons accueilli Tristan Planes en stage de 1ère année de BTS au sein de l'équipe ImmunoCare. Il a été parmi nous jusqu'au 3 juillet 2021. Il a travaillé principalement en biologie moléculaire et a fait un peu de culture cellulaire. Son sujet de stage était sur l'évaluation des capacités d'extraits d'alques à stimuler ou induire un entrainement des monocytes de sang.

Saade Georges

Médecin vétérinaire, Georges SAADE a rejoint BioEPAR au sein du groupe ImmunoCare en tant que doctorant. Son sujet de thèse a porté sur les co-infections des cellules et des tissus respiratoires porcins par l’influenza A et le virus du syndrome dysgénésique et respiratoire porcin. Il a été encadré par François Meurens et Nicolas Bertho.