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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque en santé animale

BIOEPAR - http://www6.angers-nantes.inra.fr/bioepar

Soutenance de thèse de Nicolas Helsens (BIOEPAR-SECALIM)

Soutenance Helsens
Nicolas Helsens soutiendra sa thèse le 5 novembre 2020 à 14h en retransmission en salle 220 - La Chantrerie – Nantes à Oniris sur : Caractérisation des communautés bactériennes et des profils de résistance aux antibiotiques dans le filet de truite arc-en-ciel

Membres du jury :

  • Rapporteurs :
    • Sophie PAYOT-LACROIX Directrice de Recherche, INRAE, Nancy, France
    • Nathalie WERY Directrice de Recherche, INRAE, Narbonne, France
  • Examinateurs :
    • Sébastien LECLERCQ Chargé de Recherche, INRAE, Nouzilly, France
    • Olivier GROVEL Professeur, Université de Nantes, France
  • Directrice de thèse : Catherine MAGRAS Professeure, Oniris, Nantes
  • Co-encadrants de thèse :
    • Ségolène CALVEZ Maître de conférence, Oniris, Nantes
    • Hervé PRÉVOST Professeur, Oniris, Nantes

Résumé :

Les aliments d’origine animale joueraient un rôle dans la diffusion de la résistance aux antibiotiques. Le filet frais de poissons d’élevage, dont la consommation est en forte progression, est soumis à des contaminations par les environnements d’élevage et de transformation pouvant influencer son profil de résistance. Cette première caractérisation du profil de résistance du microbiote du filet de truite arc-en-ciel prend en compte différentes situations pouvant faire varier l’exposition des filets. Le microbiote bactérien et son profil de résistance aux antibiotiques d’un panel de 56 échantillons collectés sur sites ont été décrits après que les méthodes d’extraction adaptées à cette matrice complexe et à un niveau de contamination faible aient été calibrées. Si le microbiote constitutif de la truite arc-en-ciel est similaire entre les échantillons, le processus de filetage apparaît comme un facteur de diversité des communautés. Des gènes de résistance ont été détectés en faible nombre dans les filets frais avec une prévalence de 20% ou plus dans la population de poissons du bassin. Leur nature semble être influencée par les traitements antibiotiques antérieurs dont les résidus ont été détectés. Des souches de Pseudomonas ont été isolées, dont certaines présentaient des multirésistances. Le vieillissement des filets voit augmenter le nombre de gènes détectés et l’abondance de bactéries du genre Pseudomonas. Cela pose la question du risque présenté par ces gènes présents mais non détectés dans les filets frais, et de la transmission de déterminants de la résistance aux antibiotiques à d’autres environnements comme le microbiote intestinal du consommateur.