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Résumé de la thèse :

Les bactéries appartenant au genre Campylobacter sont actuellement considérées comme la première cause de maladies infectieuses d'origine alimentaire chez l'Homme dans les pays développés. Les animaux d’élevage, notamment les porcs, constituent des réservoirs de ces bactéries dont ils sont fréquemment porteurs sains. L’objectif de ces travaux est de produire des méthodes et des connaissances permettant d’étudier le portage de Campylobacter en élevage porcin. Des techniques de PCR quantitative en temps réel rapides et fiables ont été mises au point pour la détection et la quantification de Campylobacter spp., C. coli et C. jejuni. Ces méthodes d’identification quantitative présentent l’avantage d’être simples d’utilisation, rapides et applicables directement à des substrats complexes tels que les matières fécales ou les prélèvements environnementaux. La validation de ces techniques était un préalable à l’étude de la cinétique d’excrétion de Campylobacter dans les matières fécales de porcs et à l’évaluation de la contamination de l’environnement. Afin de générer des données fondamentales pour pouvoir interpréter les données relevées sur le terrain, des porcs EOPS âgés de sept semaines ont été inoculés expérimentalement avec plusieurs souches de Campylobacter d’origine différente, seules ou en association. Cette infection expérimentale a permis de souligner les grandes tendances décrites dans la littérature, à savoir un portage asymptomatique, des niveaux d’excrétion élevés et une légère baisse des quantités excrétées en fin d’engraissement. Elle a également permis de mettre en évidence une intermittence de l’excrétion, une contagiosité de Campylobacter avec une transmission rapide à distance aux animaux des cases adjacentes et l’existence d’une interaction spécifique hôte/espèce de Campylobacter (effet souche/espèce marqué). Outre ces résultats sur l’étude de la cinétique d’excrétion, elle a permis de calibrer deux méthodes de typage, à savoir la macrorestriction génomique en champ pulsé et la PCR-RFLP sur le gène flaA. Une variabilité génomique « in vivo » dans l’animal a été mise en évidence avec un effet souche marqué puisque seul C. coli d’origine porcine a varié. Les résultats concernant les deux méthodes permettent ainsi d’établir un seuil de similarité entre souches. La dernière étape était l’application de ces méthodes lors d’enquêtes en élevage naisseur-engraisseur pour décrire la contamination de l’environnement et la dynamique d’infection des Campylobacter en élevage porcin. Notre étude souligne le rôle de la truie comme source de contamination mais l’environnement est un élément possible de transmission des Campylobacter entre les animaux à considérer.

Mots-clefs :

Campylobacter, Porcs, Réaction en chaîne de la polymérase, Variabilité génétique, Épidémiologie moléculaire