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Résumé de la thèse :

Flavobacterium psychrophilum est une bactérie responsable de la flavobactériose d’eau froide touchant majoritairement les poissons de la famille des salmonidés, et plus particulièrement la Truite arc en ciel. Cette maladie entraine une mortalité massive chez ces espèces avec pour conséquence, des pertes économiques importantes. Face à l’émergence de résistances aux traitements antibiotiques actuels et à l’absence d’un vaccin contre cette maladie, l’amélioration des stratégies de gestion visant à en limiter la diffusion nécessite une meilleure compréhension de la variabilité génétique et de la structure de la population de son agent. Dans cette optique, cette thèse vise l’étude de la variabilité génétique de Flavobacterium psychrophilum en France où, aucune investigation de ce genre n’a encore été menée. A cet effet, le génotypage de F. psychrophilum par la méthode MLST a été menée sur une population de F. pyschrophilum échantillonnée sur des truites arc-en-ciel présentant des signes cliniques de la maladie, dans les principales régions françaises de production aquacole. Cette étude a révélé que les poissons étaient majoritairement infectés par un complexe d’isolats génétiquement proches, sans pouvoir observer une structuration géographique. Une deuxième méthode de génotypage, la PFGE a été appliquée à une population de bactéries échantillonnées sur des truites arc-en-ciel apparemment saines, à l’échelle plus fine de quatre sites piscicoles situés dans un bassin versant de Bretagne. La PFGE a montré de la variabilité génétique : sur un même poisson, dans une même pisciculture et entre pisciculture, sans mise en évidence d’un variant génétique majoritaire. Enfin, les méthodes MLST et PFGE appliquées à une sélection d’isolats, ont montré des résultats concordants et des pouvoirs discriminants similaires.

Mots-clefs :

Flavobacterium psychrophilum, Diversité génétique, MLST, PFGE, Truite arc-en-ciel, France