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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Microbiote des semences

Coupe transversale d'une graine de haricot contaminée par une souche de Xanthomonas marquée à la GFP
Quelle influence relative pour le génotype et le terroir ?

Les semences sont vectrices de communautés microbiennes diversifiées (aussi appelées microbiotes) dont la composition peut favoriser la croissance des plantules ou permettre de résister aux bio-agresseurs. Pour être capable de sélectionner des microbiotes bénéfiques pour la croissance et la santé des plantes, il faut tout d’abord caractériser les facteurs impliqués dans leur composition.

Au cours de cette étude, les influences relatives du génotype de la plante et du site de culture sur la composition du microbiote des semences ont été analysées. Pour réaliser ce travail, 5 cultivars de haricot ont été semés sur deux sites de culture et les graines ont été récoltées après un cycle de culture. La diversité microbienne associée aux échantillons de graines récoltées a ensuite été caractérisée par une approche de séquençage de marqueurs taxonomiques bactériens et fongiques. Les résultats de cette étude indiquent que le génotype de la plante n’influence pas la composition du microbiote des semences. En revanche le site de culture influence de manière significative la composition des communautés fongiques associées aux semences. Pour les communautés bactériennes, il semble que le terroir n’aurait qu’un effet mineur de structuration, ce qui implique que d’autres facteurs sont potentiellement impliqués dans la composition de ces ensembles.

Partenaires : ce travail de recherche est le fruit d’une collaboration entre l’UMR SAD-Paysage (Rennes) et l'UMR IRHS Inra-Agrocampus-Université d'Angers. Ces travaux de recherche ont été en partie financés par le projet metaSEED (Pari scientifique de la Région des Pays de la Loire) et le projet européen Solibam.

Publication associée : Klaedtke S, Jacques MA, Raggi L, Préveaux A, Bonneau S, Negri V, Chable V, Barret M. Terroir is a key driver of seed-associated microbial assemblages. 2016. Environmental Microbiology. doi: 10.1111/1462-2920.12977