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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Méthode de détection et d’identification de Xylella en une seule opération

identification de Xylella
Une nouvelle qPCR multiplex pour la détection et l’identification simultanée des sous-espèces de Xylella fastidiosa

Xylella fastidiosa est une bactérie phytopathogène de quarantaine pour l’Europe, représentant une menace importante pour de très nombreuses productions agricoles (vigne, fruitiers du genre Prunus, oliviers…), ornementales, et plus largement pour l’environnement. Cette bactérie est désormais installée dans les Pouilles (Italie), aux Baléares (Espagne) et en Corse. Toute nouvelle détection de X.fastidiosa hors de ces zones entraînera la mise en place d’une procédure d’éradication dont les paramètres dépendent de la sous-espèce en cause. Par ailleurs, il a récemment été montré que la réussite de la procédure d’éradication dépendait essentiellement d’une détection précoce de l’infection. Ainsi, il est hautement prioritaire de pouvoir détecter et identifier cette bactérie rapidement et le plus finement possible.

Les signatures de sous-espèces ont été recherchées dans les séquences génomiques grâce à l’outil bioinformatique skIf. Des jeux d’amorces-sonde ont été dessinés sur ces fragments spécifiques pour chaque sous-espèce pour une utilisation en PCR Taqman, la méthode de référence en santé végétale pour sa sensibilité et spécificité. Les paramètres des jeux d’amorces-sonde (inclusivité, spécificité, et limite de détection) ont été validés in silico, in vitro et in planta. Ces jeux ont été multiplexés et leur utilité a été démontrée sur une gamme d’échantillons végétaux prélevés en Corse, dont l’analyse était délicate avec la méthode actuellement utilisée pour l’identification dans les laboratoires de référence, étant en limite de détection de cette méthode. Le gain économique et en temps par rapport à cette méthode est également un point fort de ces outils.

Leur intégration dans la prochaine mise à jour du protocole de l’Organisation Européenne et Méditerranéenne pour la Protection des Plantes (OEPP) est planifiée au printemps, ce qui permettra son appropriation et son utilisation par les laboratoires européens de référence pour la détection de X. fastidiosa.  

Partenaire : ces études ont été conduites à l’unité IRHS.

Publications associées :
Dupas E, M Briand, M-A Jacques, S Cesbron. (2019). Novel tetraplex qPCR assays for simultaneous detection and identification of Xylella fastidiosa subspecies in plant tissues. Frontiers in plant Sciences. DOI: 10.3389/fpls.2019.01732.
Denancé N, M Briand, R Gaborieau, S Gaillard, M-A Jacques. (2019). Identification of genetic relationships and subspecies signatures in Xylella fastidiosa. BMC Genomics 20:239 DOI: 10.1186/s12864-019-5565-9.