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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Menaces sur l’ancêtre du pommier en Asie : flux de gènes depuis les pommiers domestiqués et invasion de champignons pathogènes "pestifiés"

Zone d’échantillonnage des pommiers sauvages dans le Tien Shan (Kazakhstan). En arrière-plan, le mont Talgar
© Bruno Le Cam
Les contacts secondaires entre les cultures et leurs apparentés sauvages constituent souvent une menace pour les espèces sauvages. Une deuxième menace moins connue est l’invasion des espèces sauvages par les agents pathogènes des cultures

L'équipe EcoFun de l'unité IRHS à Angers a analysé des paires hôte-pathogène de pommiers sauvages (Malus sieversii) ou domestiqués (Malus domestica) d'Asie centrale et leur principal champignon pathogène, Venturia inaequalis afin d’évaluer les conséquences des contacts secondaires dans leur aire d’origine.

Des données génomiques mettent en évidence l’existence de flux de gènes des pommiers cultivés (Malus domestica) vers les pommiers sauvages dans les forêts asiatiques, ce qui pourrait menacer la persistance des pommiers sauvages d'Asie. De même une modélisation démographique révèle une dispersion récente de la population de V. inaequalis de type agricole dans les forêts sauvages et l’existence de flux de gènes entre les populations agricoles et sauvages de champignons. Des tests de pathogénie démontrent que la population de type agricole est plus virulente à la fois sur les arbres sauvages et domestiqués, traduisant une "pestification" du champignon suite à la domestication de son hôte. Enfin, un gène potentiellement impliqué dans la pestification du champignon a été identifié.

Ces résultats mettent en évidence la menace que représente la culture d'une plante cultivée près de son centre d'origine, en termes d'invasions d'agents pathogènes pestifiés dans les populations de plantes sauvages et d'introgression dans la population d'agents pathogènes de type sauvage.

L’étude de la zone de contact entre les deux populations du champignon pathogène permettra de comprendre la dynamique d’invasion et d’hybridation de la forme agricole avec la population sauvage et de la menace de cette dynamique sur les forêts de pommiers sauvages d’Asie Centrale.

Cette étude est une des premières à étudier une zone de contact entre écosystème sauvage et agroécosystème à la fois chez un hôte végétal et son organisme pathogène.

Partenaires : cette étude a été réalisée par l’équipe ECOFUN (IRHS) en partenariat avec l’ESE (CNRS-Université Paris-Saclay) a été principalement financée par le département SPE-INRAE (Projet ESCAPADES) et le RFI (Pays de la Loire).
Les études de pathogénie ont été réalisées sur la plateforme de phénotypage PHENOTIC de la SFR Quasav à Angers

Publication associée : Feurtey, A, Guitton, E, De Gracia Coquerel, M, et al. Threat to Asian wild apple trees posed by gene flow from domesticated apple trees and their “pestified” pathogens. Mol Ecol. 2020; 29: 4925– 4941. https://doi.org/10.1111/mec.15677

Contact : Christophe Lemaire : christophe.lemaire@univ-angers.fr