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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Génomique du pouvoir pathogène de V. inaequalis.

Nous avons montré que le génome de V. inaequalis est structurée en isochores, alternance de régions riches en GC et des régions riches en AT.

Parce que les régions AT sont connus pour être particulièrement instables (présence de transposons, phénomène de RIP), elles génèreraient potentiellement de nouveaux effecteurs responsables du fort potentiel adaptatif du champignon. Dans le projet ANR Fungisochore, nous allons tester cette hypothèse en recherchant des protéines effectrices interagissant avec la plante dans ces régions. L’histoire évolutive de ces gènes sera analysée dans le contexte de la domestication du pommier et de sa sélection contemporaine. La transformation du champignon étant maintenant maitrisée dans l’équipe, la validation fonctionnelle des effecteurs candidats sera ensuite entreprise.

Le taux de substitutions adaptatives chez un organisme représente une des questions majeures en évolution. En effet, c’est autour de cette question que s’articule le débat sur les mécanismes fondamentaux de l’évolution. Les progrès de la génomique, dont le séquençage de génomes à haut débit, permettent maintenant d’aborder les questions des signatures moléculaires à l’échelle des génomes entiers. Par une approche « reverse écologie », le reséquençage en cours du génome de populations de Vi, caractérisés pour des traits d’histoire de vie contrasté (virulence, domestication, formes spéciales) devrait permettre d’identifier dans le génome des régions  -voire des gènes-  impliquées dans ces traits d’histoire de vie.

Financement: VENSEQ (Région Pays de La Loire), ANR Fungisochore (2010-2013). Collab.: UMR BIOGER, URGI. FUNGISEM team. Collaboration internationale en relation avec la génomique de Vi (CH, NZ, SA)

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