La transmission à et par la semence est une étape critique dans l'écologie de nombreux champignons phytopathogènes, mais également dans l'épidémiologie des maladies qu'ils occasionnent. Elle permet leur survie et assure leur dispersion. Les mécanismes moléculaires impliqués dans la contamination de la semence puis dans l’infection de la plantule demeurent cependant encore largement méconnus. 

Les travaux de l’équipe consistent à élucider les mécanismes responsables du pouvoir pathogène de ces champignons, ainsi que les stratégies de la plante à répondre à cette interaction biotique. Les objectifs sont  : 

• d’identifier des déterminants du pouvoir pathogène, notamment ceux liés à la protection du champignon contre les stress physico-chimiques auxquels il fait face lors de l’interaction avec sa plante hôte, 
• d’explorer le rôle du microbiote associé aux semences dans la transmission du pathogène, et en particulier de mieux comprendre l’influence de la plante hôte et de l’environnement sur les interactions entre les espèces fongiques présentes dans le microbiote. 

Les études conduites à FungiSem sont principalement réalisées sur les espèces pathogènes du genre Alternaria transmises par les semences de Brassicacées cultivées (chou, radis, colza) ou sauvages (dont Arabidopsis thaliana) et d’Apiacées (carotte). 

Ces travaux ont pour ambition à terme de contribuer au développement de méthodes de lutte innovantes, dont le biocontrôle et la biostimulation des semences, ainsi que l’amélioration de la résistance des plantes aux maladies. Un axe de recherche plus récent concerne le développement de cribles moyen- et haut-débit pour rechercher de nouveaux microorganismes antagonistes, ou de nouveaux produits capables aussi bien de réduire le pouvoir pathogène du champignon que de stimuler la réaction des plantes (production de molécules de défense ou accélération de la croissance pendant les premiers stades de la culture).