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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Architecture génétique de la résistance du pommier et poirier aux bioagresseurs

Chez le pommier, nous cherchons à caractériser l’architecture génétique de la résistance à la tavelure face à la diversité du champignon Venturia inaequalis de manière à raisonner le pyramidage de gènes et QTLs de résistance dans une perspective de résistance durable. Nous cherchons aussi à identifier les gènes sous-jacents à deux QTLs de résistance (à la tavelure et au feu bactérien, respectivement) et à un gène majeur de tolérance au puceron cendré, dans une perspective de compréhension des mécanismes impliqués.

Pour cela, nous développons des approches de cartographie génétique en descendances et de génétique d’association pour préciser l’emplacement des QTLs et gènes de résistance sur les chromosomes du pommier. La démarche de génétique d’association comprend plusieurs étapes : (i) analyse de la structuration génétique des collections disponibles de variétés anciennes de pommiers (collaboration avec l’équipe QualiPom de l’IRHS), (ii) construction d’une collection de référence optimisée, (iii) génotypage SNP haute-densité et phénotypage des variétés retenues pour la recherche d’associations statistiques. Grâce à la séquence complète du génome du pommier, des gènes candidats positionnels sont identifiés sous les QTLs et caractérisés en matière de diversité allélique et d’expression. En lien avec les études de génomique fonctionnelle, nous recherchons aussi des QTLs d’expression de certains gènes de défense (eQTLs) et des QTLs de réaction aux SDP.

Chez le poirier, nous menons des études de cartographie classique de QTLs pour la résistance à la tavelure, au feu bactérien et au psylle. Les descendances concernées impliquent en particulier des espèces sauvages de poirier. Des études de synténie entre pommier et poirier permettent de comparer l’organisation génomique des facteurs de résistance.

En matière d’applications, nous collaborons étroitement avec l’équipe EcoFun de l’IRHS pour évaluer l’impact des combinaisons de facteurs de résistance à la tavelure sur la diversité et l’évolution du pouvoir pathogène des populations de V. inaequalis, de manière à en dériver des stratégies de gestion optimale des résistances variétales dans le long terme.

 

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Voir aussi

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