En savoir plus

A propos des cookies

Qu’est-ce qu’un « cookie » ?

Un "cookie" est une suite d'informations, généralement de petite taille et identifié par un nom, qui peut être transmis à votre navigateur par un site web sur lequel vous vous connectez. Votre navigateur web le conservera pendant une certaine durée, et le renverra au serveur web chaque fois que vous vous y re-connecterez.

Différents types de cookies sont déposés sur les sites :

  • Cookies strictement nécessaires au bon fonctionnement du site
  • Cookies déposés par des sites tiers pour améliorer l’interactivité du site, pour collecter des statistiques

> En savoir plus sur les cookies et leur fonctionnement

Les différents types de cookies déposés sur ce site

Cookies strictement nécessaires au site pour fonctionner

Ces cookies permettent aux services principaux du site de fonctionner de manière optimale. Vous pouvez techniquement les bloquer en utilisant les paramètres de votre navigateur mais votre expérience sur le site risque d’être dégradée.

Par ailleurs, vous avez la possibilité de vous opposer à l’utilisation des traceurs de mesure d’audience strictement nécessaires au fonctionnement et aux opérations d’administration courante du site web dans la fenêtre de gestion des cookies accessible via le lien situé dans le pied de page du site.

Cookies techniques

Nom du cookie

Finalité

Durée de conservation

Cookies de sessions CAS et PHP

Identifiants de connexion, sécurisation de session

Session

Tarteaucitron

Sauvegarde vos choix en matière de consentement des cookies

12 mois

Cookies de mesure d’audience (AT Internet)

Nom du cookie

Finalité

Durée de conservation

atid

Tracer le parcours du visiteur afin d’établir les statistiques de visites.

13 mois

atuserid

Stocker l'ID anonyme du visiteur qui se lance dès la première visite du site

13 mois

atidvisitor

Recenser les numsites (identifiants unique d'un site) vus par le visiteur et stockage des identifiants du visiteur.

13 mois

À propos de l’outil de mesure d’audience AT Internet :

L’outil de mesure d’audience Analytics d’AT Internet est déployé sur ce site afin d’obtenir des informations sur la navigation des visiteurs et d’en améliorer l’usage.

L‘autorité française de protection des données (CNIL) a accordé une exemption au cookie Web Analytics d’AT Internet. Cet outil est ainsi dispensé du recueil du consentement de l’internaute en ce qui concerne le dépôt des cookies analytics. Cependant vous pouvez refuser le dépôt de ces cookies via le panneau de gestion des cookies.

À savoir :

  • Les données collectées ne sont pas recoupées avec d’autres traitements
  • Le cookie déposé sert uniquement à la production de statistiques anonymes
  • Le cookie ne permet pas de suivre la navigation de l’internaute sur d’autres sites.

Cookies tiers destinés à améliorer l’interactivité du site

Ce site s’appuie sur certains services fournis par des tiers qui permettent :

  • de proposer des contenus interactifs ;
  • d’améliorer la convivialité et de faciliter le partage de contenu sur les réseaux sociaux ;
  • de visionner directement sur notre site des vidéos et présentations animées ;
  • de protéger les entrées des formulaires contre les robots ;
  • de surveiller les performances du site.

Ces tiers collecteront et utiliseront vos données de navigation pour des finalités qui leur sont propres.

Accepter ou refuser les cookies : comment faire ?

Lorsque vous débutez votre navigation sur un site eZpublish, l’apparition du bandeau « cookies » vous permet d’accepter ou de refuser tous les cookies que nous utilisons. Ce bandeau s’affichera tant que vous n’aurez pas effectué de choix même si vous naviguez sur une autre page du site.

Vous pouvez modifier vos choix à tout moment en cliquant sur le lien « Gestion des cookies ».

Vous pouvez gérer ces cookies au niveau de votre navigateur. Voici les procédures à suivre :

Firefox ; Chrome ; Explorer ; Safari ; Opera

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de INRAE par email à cil-dpo@inrae.fr ou par courrier à :

INRAE
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2021

Menu Logo Principal Oniris

Site internet de l'UMR SECALIM

FoodMicro 2016 - 25th International ICFMH Conference

19-22 Juillet 2016 - University College Dublin (UCD)

FoodMicro 2016 - 25th International ICFMH Conference
© Food Micro 2016
Premier prix de communication orale pour Amélie Rouger au congrès international Food Micro qui a eu lieu du 19 au 22 juillet 2016 à Dublin, Irlande.

Amélie Rouger a brillamment présenté une communication orale sur les écosystèmes microbiens de la viande de poulet dans la session « Food spoilage » . Cela lui a valu le premier prix de la communication orale !

Understanding bacterial community dynamics to improve the quality of poultry meat during refrigerated storage

Amélie Rouger1,2, Jenni Hultman3, Benoît Remenant1,2, Hervé Prévost1,2, Johanna Björkroth3, Monique Zagorec1,2

1INRA, UMR 1014 Secalim, Nantes, F-44307, France.

2 LUNAM Université, Oniris, Nantes, F-44307, France.

3 Faculty of Veterinary Medicine, Department of Food Hygiene and Environmental Health, Helsinki, Finland

 

Controlling spoilage microorganisms, especially in raw meat products, is challenging the food industry. The nature of microbial communities contaminating meat, and their development  vary depending on seasonal changes and production processes, such as marinating or modified atmosphere packaging.

Interactions between food microorganisms should be studied further to be able to improve the quality of fresh meat. With the recent development of next generation sequencing methods used in characterizing different ecosystems, we decided to utilize them for studying bacterial community dynamics during meat storage.

We first developed a method generating reproducible chicken meat ecosystems with known bacterial communities described by 16S rRNA gene pyrosequencing. Of these, we selected two bacterial communities with predominance of either Brochothrix thermosphacta or Pseudomonas spp. to be used in reproducible challenge tests on meat stored under different modified atmosphere packaging conditions.

Among 23 different meat bacterial communities collected, culture-based methods showed that lactic acid bacteria, B. thermosphacta, and Pseudomonas spp. were dominating. The 16S rRNA sequencing data confirmed the presence of B. thermosphacta, and suggested that the Pseudomonas group detected was mainly consisting of P. extremaustralis and P. cedrina. The other species found were Shewanella species and lactic acid bacteria as Carnobacterium. The predominance of Pseudomonas was correlating with packaging under high oxygen concentration, except when B. thermosphacta was dominant, suggesting a competition between these species.

Bacterial communities stored frozen were shown to be able to overgrow the initial natural contaminating microbes enabling reproducible challenge tests. Metatranscriptomic and metagenomic analyses are in progress to evaluate the impact of storage atmosphere on the community dynamics of these bacteria and on the functions the bacteria express depending on the storage condition and on the nature of bacterial communities present. This will lead to gain indications to optimize packaging of poultry meat by managing their ecosystems.

 

Key-words : Food spoilage, Poultry meat, Metagenomic, Metatranscriptomic, Bacterial interactions

Secalim était également présent pour une keynote présentée par Jeanne-Marie Membré et deux posters présentés par Agnès Bouju et Nassima Illikoud.

  • foodmicro_photo
  • Jeanne-Marie Membré a été invitée pour une communication intitulée « Meta-analysis for growth and survival data ».
    IMG-20160720-WA0004
  • Deux posters  ont été présentés dans la session « Food Spoilage » le 21 juillet 2016 par Agnès Bouju sur les écosystèmes bactériens de saucisses de porc et par Nassima Illikoud sur la diversité phénotypique et génotypique de Brochothrix thermosphacta
poster_agnes
poster_nassima

Plus de renseignements sur le congrès à l’adresse suivante : http://www.foodmicro2016.com/

 

Influence of preservative formulation on the bacterial ecosystem of fresh pork sausages

Agnès Bouju1,2, Sandrine Guillou1,2, Benoit Remenant2,1, Marie-France Pilet1,2

1 LUNAM Université, Oniris, F-44307 Nantes,

2 INRA, UMR1014 SECALIM, F-44307 Nantes,

 

To meet consumer demand for reduction of preservatives in food, industrials have to find alternative strategies using different formulations, natural antimicrobials or bioprotective flora. The ultimate purpose is to apply these techniques to preservative-free meat products like fresh pork sausages to guarantee the same shelf-life as in the current formulation containing preservatives (potassium lactate, sodium acetate). These solutions may have different impact on the microbial quality of the product. To that aim, the bacterial communities were characterized in two formulations containing preservatives or not. Conventional microbiological analysis and high-throughoutput 16S rDNA amplicons sequencing method were performed in several meat batches conditioned under modified atmosphere (70% oxygen; 30% carbon dioxide) at different chilled storage times. In addition, meat pH and color, and gas composition of the packaging headspace were monitored until the end of the shelf-life.

During chilled storage, whatever the formulation, populations of Pseudomonadaceae and Enterobacteriaceae were maintained, whereas the mesophilic flora, Brochothrix thermosphacta and lactic acid bacteria were shown to increase. The physicochemical parameters (pH, package gas composition) similarly evolved during chilled storage, mainly resulting from bacterial metabolism. Hence they have failed to convey differences in sensorial alteration perceptible at the end of the shelf-life.

At the end of the shelf-life, in both formulations, lactic acid bacteria were the most represented bacteria in meat. Principal Component Analysis enabled to show that the most represented species in the formulation with preservatives were Lactobacillus curvatus/graminis, Leuconostoc mesenteroides and Leuconostoc carnosum. In the preservative-free formulation, higher microbial variability was observed. However Lactobacillus fuchuensis, Lactobacillus oligofermentans and Brochothrix thermosphacta seemed to prevail in some samples.

Although slight differences were observed between both formulations, preservatives seemed to limit Brochothrix development by promoting a selection pressure towards Lactobacillus curvatus/graminis and Leuconostoc mesenteroides. The latter could represent good candidates for bioprotective flora.

Keywords: Meat, preservatives, microbial ecosystem, spoilage, high-throughoutput 16S rDNA sequencing

Diversity of Brochothrix thermosphacta and food spoilage

Nassima Illikoud1,2, Emmanuel Jaffrès1,2, Marie-France Pilet1,2, Romain Chauvet3, Thomas Charrier3, Monique Zagorec1,2

1 INRA, UMR1014 SECALIM, F-44307 Nantes,

2 LUNAM Université, Oniris, F-44307 Nantes,

3 EUROFINS, Laboratoire Microbiologie Ouest (ELMO), F-44300 Nantes.

Understanding and controlling food spoilage represent a scientific, economic, and ecological challenge: approximately 1/3 of food production is lost every year mainly due to microbial spoilage. Bacteria responsible for spoilage are diverse and their spoiling ability is strain-dependent. Brochothrix thermosphacta is one of the most frequently encountered bacterium associated with food spoilage, especially of vacuum-packed or under modified atmosphere meat and seafood products. Its main activity on these products is the production of metabolites, including acetoin / diacetyl, responsible for buttery odor. Although this species was isolated from a wide variety of spoiled or non-spoiled food matrices, few studies have focused on the diversity of metabolic and spoiling activities within this species. We evaluated the phenotypic and genotypic diversity of B. thermosphacta isolates, issued from various ecological origins. A collection of 159 strains, isolated from bovine slaughterhouse environment and different food matrices (milk, pork/beef/lamb/horse/poultry meats, and seafood products), was constituted from various laboratory collections. Strains were typed by rep-PCR (repetitive element palindromic PCR), PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis), and MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption / Ionization Time-Of-Flight). The results obtained by each technique separated strains into distinct groups, revealing significant genetic diversity within the strain collection. No clear correlation was observed between the results obtained with the three methods. The intra-species diversity does not seem to be related to the environment in which the strains were isolated from. In other words no ecotype (strains sharing the same ecological niche) was observed. The ability to produce acetoin / diacetyl in liquid laboratory medium was variable between strains. These results suggest that spoiling ability of B. thermosphacta is correlated to strain properties rather than to the food environment. Rep-PCR, MALDI-TOF and PFGE clustering confronted to spoilage properties of B. thermosphacta isolates will be used to select a sub-set of distant strains for genome comparison.

Keywords: Brochothrix thermosphacta, spoilage, off-odors, genotypic diversity, food matrices.

Url : http://www.foodmicro2016.com/