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Pour de nombreux scientifiques, il s’agissait de leur première conférence en présentiel depuis longtemps, ce qui explique certainement le succès de cette 16ème édition qui a réuni plus de 650 personnes. Co-organisée avec les unités INRAE-Oniris SECALIM (SECurité des ALIments et Microbiologie) et PANTHER (Physiopathologie Animale et bioThérapie du muscle et du système nerveux), la conférence a reçu le soutien du département Microbiologie et Chaîne Alimentaire d’INRAE. Un programme riche autour de la microbiologie clinique, la microbiologie des aliments, la mycologie et la virologie, avec 38 sessions parallèles, proposait 180 communications orales et conférences plénières, un atelier de microscopie confocale, une session histoire, une session dédiée aux innovations pédagogiques, une session d’audition pour le prix de thèse accordé par la SFM et des sessions posters.
L’unité de recherche SECALIM a participé activement à l’organisation de la conférence. Michel Federighi, professeur à Oniris, actuel trésorier de la SFM et co-responsable de la section Microbiologie des aliments, était dans le comité d’organisation, ainsi qu’Hervé Prévost, également professeur à Oniris.  Par ailleurs, Monique Zagorec, Directrice de Recherches INRAE à SECALIM, membre du comité scientifique de Microbes2021, a pris part à l’organisation et à la modération des sessions, à la sélection des communications orales et des posters. Plus généralement, doctorants et scientifiques ont contribué au bon déroulement de la conférence.
Les travaux de recherche de SECALIM se sont illustrés au travers de cinq communications orales :

• Dans la session « Connaissance et maîtrise de l’altération microbiologique des aliments »,
  • Une conférence introductive de Marie-France Pilet, professeur à Oniris et Directrice de SECALIM aux côtés de Françoise Leroi, chercheuse à IFREMER, sur « L’altération microbiologique des produits de la mer : où en est-on ? ».

• • Une communication orale de Ngoc-Du Luong, ex-doctorant à SECALIM dans le cadre du projet ANR Redlosses sur « l’Application de l’approche PathComDim pour la modélisation des liens de causalité entre microbiote, volatilome et profils d’odeurs associés à l’altération de la viande »,

• • Une communication orale d’Agnès Bouju, technicienne de recherche à SECALIM, dans le cadre du projet Alterobio concernant « la Quantification des cellules viables de Brochothrix thermosphacta dans le saumon fumé par une nouvelle méthode de rpoC-PMA-qPCR »,

• • Dans cette session, Boris Misery, nouvellement recruté à SECALIM en tant que chargé d’enseignement et de recherche contractuel, présentait également ses travaux de thèse effectués dans son unité d’origine, ABTE, à Caen : « Lactobacillus sp. et la piqure acroléique dans les cidres: nouvelles perspectives sur le métabolisme du glycérol ».

• Dans la session « Sécurité microbiologique de la chaîne alimentaire »,

Nabila Haddad, enseignant-chercheur à Oniris, donnait une communication orale issues de travaux réalisés dans le cadre du projet BioMics sur les « réponses moléculaires du pathogène Campylobacter jejuni aux stress inspirés du procédé d’abattage du poulet ».

• Dans la session « Innovations pédagogiques dans l’enseignement de la microbiologie : comment booster votre enseignement »,

Géraldine Boué, enseignant-chercheur à Oniris, présentait la conception d’un jeu sérieux pour les investigations de toxi-infections alimentaires dans le cadre des cursus vétérinaire et ingénieur d’Oniris : « La transdisciplinarité dans un jeu sérieux pour conduire une investigation de toxi-infection alimentaire et encourager la coopération entre vétérinaire et ingénieurs en agroalimentaire »

• Aurélien Maillet, ex-doctorant de SECALIM dans le cadre du projet Alterobio, concourait au Prix de thèse sur « l’ Étude du microbiote de l’environnement de l’usine agroalimentaire et de son impact sur la qualité et la sécurité des aliments ». Aurélien a remporté brillamment le premier Prix de thèse du comité scientifique de la SFM.