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Le doctorat a été réalisé sous la direction du Pr. Hervé Prévost et du Dr. Emmanuel Jaffrès au sein de l’UMR Secalim INRAE-Oniris (Nantes) dans le cadre d’un contrat CIFRE ALTEROBIO (ANRT) avec l’entreprise Biofortis - Mérieux Nutrisciences (Saint Herblain) et en collaboration avec l’entreprise Thaï-Union (Quimper).
Ce prix récompense ses travaux portant sur « l’étude du microbiote de l’environnement d’usine agroalimentaire et de son impact sur la qualité et la sécurité des aliments ». Dans ce travail, les communautés bactériennes du saumon fumé ainsi que des surfaces de l’usine de production ont été caractérisées par séquençage de l’ADN 16S. L’analyse par metabarcoding du microbiote de différents lots de saumon fumé, a mis en évidence une « signature » usine suggérant un transfert du microbiote des usines vers le microbiote du produit fini. Enfin, une analyse de « source tracking » comparant le microbiote de produits avec celui de différentes zones de l’usine, a permis d’identifier les sources environnementales de contamination. Cette stratégie innovante d’identification des sources de contamination est très importante pour diriger des mesures correctives de nettoyage et désinfection à mettre en œuvre pour limiter ces contaminations pouvant avoir un impact sur les qualités du produit.
Ce travail de thèse a fait l’objet de 2 articles publiés dans des revues scientifiques internationales à comité de lecture, de 3 communications orales en congrès international et de 4 communications affichées.

Aurélien MAILLET a reçu deux autres prix : le Prix international du meilleur poster, au congrès IAFP European Symposium, Stockholm 2018 et le prix du meilleur poster aux journées Scientifiques Mibiogate « physiologie et pathologie des barrières : interaction avec les microbiotes » de l’Université de Nantes, 2018. Il est maintenant employé par Mars Global Service Laboratories comme Molecular Microbiology Scientist.

Références bibliographiques :

Maillet A, Bouju-Albert A, Roblin S, Vaissié P, Leuillet S, Dousset X, Jaffrès E, Combrisson J, Prévost H. 2021. Impact of DNA extraction and sampling methods on bacterial communities monitored by 16S rDNA metabarcoding in cold-smoked salmon and processing plant surfaces. Food Microbiology. May;95:103705. https://doi.org/10.1016/j.fm.2020.103705.

Maillet A, Denojean P, Bouju-Albert A, Scaon E, Leuillet S, Dousset X, Jaffrès E, Combrisson J, Prévost H. 2021. Characterization of Bacterial Communities of Cold-Smoked Salmon during Storage. Foods. 10(2):362. https://doi.org/10.3390/foods10020362.