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Encadrement : Catherine Magras (directrice de thèse), Hervé Prévost (co-directeur) et Ségolène Calvez (co-encadrante)
Composition du jury

Rapportrices :
Sophie PAYOT-LACROIX (Directrice de Recherche, INRAE, Nancy, France)
Nathalie WERY (Directrice de Recherche, INRAE, Narbonne, France)
 
Examinateurs :    
Olivier GROVEL (Professeur, Université de Nantes, France)
Sébastien LECLERCQ (Chargé de Recherche, INRAE, Nouzilly, France)

Résumé :
Les aliments d’origine animale joueraient un rôle dans la diffusion de la résistance aux antibiotiques. Le filet frais de poissons d’élevage, dont la consommation est en forte progression, est soumis à des contaminations par les environnements d’élevage et de transformation pouvant influencer son profil de résistance. Cette première caractérisation du profil de résistance du microbiote du filet de truite arc-en-ciel prend en compte différentes situations pouvant faire varier l’exposition des filets. Le microbiote bactérien et son profil de résistance aux antibiotiques d’un panel de 56 échantillons collectés sur sites ont été décrits après que les méthodes d’extraction adaptées à cette matrice complexe et à un niveau de contamination faible aient été calibrées. Si le microbiote constitutif de la truite arc-en-ciel est similaire entre les échantillons, le processus de filetage apparaît comme un facteur de diversité des communautés. Des gènes de résistance ont été détectés en faible nombre dans les filets frais avec une prévalence de 20% ou plus dans la population de poissons du bassin. Leur nature semble être influencée par les traitements antibiotiques antérieurs dont les résidus ont été détectés. Des souches de Pseudomonas ont été isolées, dont certaines présentaient des multirésistances. Le vieillissement des filets voit augmenter le nombre de gènes détectés et l’abondance de bactéries du genre Pseudomonas. Cela pose la question du risque présenté par ces gènes présents mais non détectés dans les filets frais, et de la transmission de déterminants de la résistance aux antibiotiques à d’autres environnements comme le microbiote intestinal du consommateur.