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Afin de construire de futurs programmes de recherche européens, SECALIM a co-organisé en 2016  un workshop dont le fruit des réflexions a été valorisé en 2018 par un éditorial et 4 publications qui décrivent les futures applications en sécurité et salubrité des aliments des technologies de séquençage haut débit et des approches multi-omiques, pour l’amélioration de l’exposition aux dangers et la caractérisation des mécanismes pathogéniques.

Contexte et enjeux : La sécurité des aliments constitue un enjeu de santé publique. L’appréciation quantitative des risques microbiologiques est un processus structuré qui permet de quantifier les risques associés à la présence d’agents microbiens pathogènes dans les aliments en utilisant des approches de modélisation prédictive. Les avancées technologiques, notamment dans le domaine du séquençage des acides nucléiques, permettent aujourd’hui une meilleure connaissance de l’écologie et de la physiologie microbienne. L’intégration des données générées par ces nouvelles technologies devraient permettre d’affiner les modèles d’appréciation des risques et de considérer la variabilité des réponses microbiennes vis-à-vis des procédés de préservation des aliments, ainsi que l’influence des interactions microbiennes au sein des écosystèmes alimentaires.
Résultats : Un éditorial et quatre publications scientifiques sont le fruit des réflexions engagées entre des chercheurs d’instituts de recherche européens et de grands groupes industriels agroalimentaires internationaux. L’article de Rantsiou et al. (2018) décrit les applications actuelles du séquençage de génome (Whole Genome Sequencing) dans le domaine de la surveillance des pathogènes alimentaires et de l’attribution des sources, et présente les perspectives offertes par les méthodes de séquençage Haut Débit. Dans l’article de Cocolin et al. (2018) les défis que représente l’utilisation des approches multi-omiques en sécurité et salubrité des aliments, sont analysés, en identifiant leurs potentiels et leurs limites. Ensuite, den Besten et al. (2018) identifient deux techniques omiques dont l’utilisation pourrait permettre d’améliorer l’exposition aux dangers. (i) La métagénomique permet de mieux caractériser l’environnement de l’aliment et de l’usine ainsi que ses modifications temporelles au cours des procédés de transformation et de stockage. (ii) Par ailleurs, l’identification et la caractérisation de biomarqueurs moléculaires ouvre la voie vers des modèles d’exposition plus précis au niveau de la souche et d’une meilleure prédiction de la variabilité du comportement des pathogènes. Enfin, Haddad et al. (2018) discutent des possibilités offertes par les méthodes NGS, de mieux comprendre et caractériser les mécanismes pathogéniques, la virulence et la sévérité des agents pathogènes. Cette connaissance devrait permettre de limiter l’incertitude et la variabilité associées à la détermination de la dose-réponse.
Perspectives : Un consortium européen a été créé à partir de quelques-unes des équipes scientifiques qui ont participé à ce Workshop. L’objectif de ce consortium est de répondre à l’appel à projet SFS37 de H2020 (Approches intégrées des contrôles de sécurité sanitaire des aliments au long de la chaîne alimentaire)  en 2019.
Valorisation : 4 publications et un éditorial ont été écrits suite aux réflexions. Ils sont actuellement en ligne et en version papier dans un volume spécial : “Next Generation MRA – Integration of omics data into assessment” dans la revue ’International Journal of Food Microbiology’.