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Le projet de thèse de Nicolas Helsens s'inscrit dans le projet Food Resistome entre l'UMR SECALIM et l'UMR BioEPAR d'Oniris.

Résumé :
Les aliments d’origine animale joueraient un rôle dans la diffusion de la résistance aux antibiotiques. Le filet frais de poissons d’élevage, dont la consommation est en forte progression, est soumis à des contaminations par les environnements d’élevage et de transformation pouvant influencer son profil de résistance. Cette première caractérisation du profil de résistance du microbiote du filet de truite arc-en-ciel prend en compte différentes situations pouvant faire varier l’exposition des filets. Le microbiote bactérien et son profil de résistance aux antibiotiques d’un panel de 56 échantillons collectés sur sites ont été décrits après que les méthodes d’extraction adaptées à cette matrice complexe et à un niveau de contamination faible aient été calibrées. Si le microbiote constitutif de la truite arc-en-ciel est similaire entre les échantillons, le processus de filetage apparaît comme un facteur de diversité des communautés. Des gènes de résistance ont été détectés en faible nombre dans les filets frais avec une prévalence de 20% ou plus dans la population de poissons du bassin. Leur nature semble être influencée par les traitements antibiotiques antérieurs dont les résidus ont été détectés. Des souches de Pseudomonas ont été isolées, dont certaines présentaient des multirésistances. Le vieillissement des filets voit augmenter le nombre de gènes détectés et l’abondance de bactéries du genre Pseudomonas. Cela pose la question du risque présenté par ces gènes présents mais non détectés dans les filets frais, et de la transmission de déterminants de la résistance aux antibiotiques à d’autres environnements comme le microbiote intestinal du consommateur.

Valorisation :

• Oberlé, K., A. Bouju‐Albert, N. Helsens, G. Pangga, H. Prevost, C. Magras and S. Calvez 2022. No evidence for a relationship between farm or transformation process locations and antibiotic resistance patterns of Pseudomonas population associated with rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Journal of Applied Microbiology 132(3): 1738-1750. https://doi.org/10.1111/jam.15344
• Helsens, N., S. Calvez, H. Prevost, A. Bouju-Albert, A. Maillet, A. Rossero, D. Hurtaud-Pessel, M. Zagorec and C. Magras 2020. Antibiotic resistance genes and bacterial communities of farmed rainbow trout fillets (Oncorhynchus mykiss). Frontiers in Microbiology 11(3070). https://doi.org10.3389/fmicb.2020.590902. 
• Helsens, N., S. Calvez, A. Bouju-Albert, A. Rossero, H. Prevost and C. Magras 2020. Comparison of stomaching versus rinsing, for recovering bacterial communities from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) fillets. Journal of Food Protection. Ranking du JCR: Q3 (JCR® 2019). https://doi.org/10.4315/JFP-20-037.