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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Cahiers techniques d'INRAE : Comment valider la méthode de RT-qPCR en détection SybrGreen ?

Application à l’analyse de la réponse transcriptomique de Campylobacter jejuni soumis à un stress.

Cahier technique INRAE
Assurer une méthode fiable de RT-qPCR en vue de publication : les étapes importantes, les contrôles et les recommandations à anticiper.

Dans le cadre du projet BIOMICS qui visait à évaluer l'influence de stress proches de ceux de l'abattage sur le comportement de Campylobacter jejuni, la PCR quantitative utilisée pour quantifier l'expression de certains gènes a fait l'objet d'un développement méthodologique qui a été valorisé dans les cahiers techniques d'INRAE.

L’analyse transcriptionnelle via l’utilisation de la technique de RT-qPCR (Reverse Transcription couplée à la PCR quantitative) demeure largement utilisée malgré l’essor grandissant des techniques de séquençage haut débit. La RT-qPCR permet de quantifier le niveau des ARN messagers de gènes cibles reflétant ainsi le niveau d’expression de ces gènes. Elle a de nombreuses applications qui requièrent une forte exigence lors de sa mise au point. Cette technique nécessite la validation, une à une des différentes étapes de la procédure et de nombreux tests sont à effectuer en amont de l’expérimentation ainsi que des points de contrôle au cours de l’expérimentation. L’objectif de ce travail a été de décrire les différents points de contrôle et de détailler des points de vigilance à respecter lors de l’utilisation de la RT-qPCR. Depuis l’extraction des acides nucléiques jusqu’à l’analyse des résultats finaux, la validation des différentes étapes a démontré une méthode robuste et fiable pour la publication des travaux menés sur la réponse transcriptomique chez le pathogène bactérien Campylobacter jejuni soumis à un stress thermique.

Publication associée :

Sandrine Rezé, Sandrine Guillou, Nabila Haddad (2021) Le Cahier des Techniques de l’Inra 2021 (104) Comment valider la méthode de RT-qPCR en détection SybrGreen ? Application à l’analyse de la réponse transcriptomique de Campylobacter jejuni soumis à un stress : Cahier-N-104/Art1-ct104-2021