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L'écologie microbienne consiste à caractériser la biodiversité microbienne d'un écosystème ou microbiote, afin d’étudier la place et le rôle des micro-organismes dans son habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux et avec leur milieu. Secalim avait su prendre la mesure de cet enjeu dans la caractérisation des écosystèmes microbiens dans les aliments pour mieux en comprendre le fonctionnement, en utilisant tout d’abord des méthodes culturales complétées par des identifications moléculaires puis des méthodes aculturales comme la TTGE. L'émergence des nouvelles techniques de séquençage a permis de faire évoluer cette discipline vers des  questionnements sur la relation entre la diversité et le fonctionnement de l’écosystème (en termes de performance dans le processus d’altération).

Les travaux de Secalim considèrent désormais le plus souvent les micro-organismes au sein du microbiote alimentaire, et nécessitent pour cette raison le recours à l'écologie microbienne (voir projets ci-contre). Ils font partie pour la plupart de la thématique 1 : Comprendre le comportement bactérien, en se plaçant à l'échelle des communautés bactériennes.

Ouvrages et Chapitres d'ouvrage :

• Zagorec, M. and M.-C. Champomier Vergès 2022. Meat microbiology and spoilage. Lawrie's meat science. F. Toldra, éd., Elsevier - Woodhead Publishing 9th edition. pp. 195-218, 978-0-323-85408-5.
• Zagorec, M. and M.-C. Champomier Vergès 2022. Microbiological issues affecting nutrition/safety of meat. Reference Module in Food Science. M. Dikeman, éd., Elsevier , Ltd. 3rd edition. pp., ISBN 9780081005965.
• La métagénomique : Développements et futures applications par Champomier Vergès, M.-C. and M. Zagorec, sortie en 2015. Collection Savoir Faires Editions Quae Collection Savoir Faire, ISBN: 978-2-7592-2293-3.
• Les flores protectrices pour la conservation des aliments : utilisation, efficacité et interactions dans l’écosystème microbien par Zagorec, M. and S. Christeans, sortie en 2013. Collection Synthèsess Editions Quae Collection Synthèses, ISBN: 978-2-7592-1920-9.
• Zagorec, M. and M.-C. Champomier Vergès 2017. Meat microbiology and spoilage. Lawrie's meat science. F. Toldra, éd., Elsevier - Woodhead Publishing 8th edition. pp. 187-230, 978-0-08-100694-8.
• Dousset, X., E. Jaffrès and M. Zagorec 2016. Spoilage: Bacterial Spoilage. The Encyclopedia of Food and Health. B. Caballero, P. M. Finglas and F. Toldra, éds.,  Oxford, UK, Academic Press 5: pp. 106-112
• Rul, F., M. Zagorec and M.-C. Champomier-Vergès 2015. Lactic acid bacteria in fermented foods. Proteomics in foods, principles and applications. F. Toldra, éd.,  New York, USA, Springer: pp.
• Renault, P., M. Zagorec and M.-C. Champomier Vergès 2015. Communautés microbiennes des aliments. La métagénomique : Développements et futures applications, Editions Quae Collection Savoir Faire. pp. 57-70, ISBN: 978-2-7592-2293-3.
• Champomier-Vergès, M.-C. and M. Zagorec 2015. Spoilage microorganisms: Risk and Control. Handbook of Fermented Meat and Poultry. F. Toldra, éd., John Wiley and Sons, Ltd. second edition. 45: pp. 385-388
• Champomier-Vergès, M. C. and M. Zagorec 2015. Lactobacillus sakei in meat fermentation. Biotechnology of Lactic Acid Bacteria: novel applications. F. Mozzi, R. R. Raya and G. M. Vignolo, éds., John Wiley & Sons, Ltd. Second Edition. Chapter 13: pp. 209-215
• Anba-Mondoloni, J., M.-C. Champomier-Vergès, M. Zagorec, S. Leroy, E. Dordet-Frisoni, S. Planchon and R. Talon 2015. The Genetics of Microbial Starters. Handbook of Fermented Meat and Poultry. F. Toldra, éd., John Wiley and Sons, Ltd. second edition. 19: pp. 161-168
• Zagorec, M., M.-C. Champomier Vergès and C. Cailliez-Grimal 2014. Identification Methods/DNA fingerprinting: whole genome sequencing. Encyclopedia of Food Microbiology. C. A. Batt and M. L. Tortorello, éds.,  Oxford, UK, Elsevier Ltd, Academic Press 2nd Edition. pp. 295-299, ISBN 9780123847300.

Les thèses encadrées sur le sujet :

• Actuellement la thèse de Sophie Hautefeuille porte un sujet au carrefour entre écologie microbienne et Campylobacter.
• en 2021, le microbiote de l'environnement de l'usine agroalimentaire et son impact sur la qualité et la sécurité des aliments ont été étudiés dans le cas d'étude du saumon fumé. Cette thèse s'inscrivait dans le projet ALTEROBIO en partenariat avec la société Biofortis Mérieux Nutrisciences.
• en 2020, la caractérisation des microbiotes de saucisses de volaille et de porc a été effectuée en fonction du temps et de facteurs de procédé pour mieux prédire les phénomène d'altération. Cette thèse s'inscrivait dans le projet ANR REDLOSSES coordonné par Secalim.
• en 2020, une autre thèse récemment soutenue visait à caractériser les communautés bactériennes et les gènes de résistance aux antibiotiques du microbiote d'un poisson d'élevage dans le cadre du projet RFI Food For Tomorrow, FOOD RESISTOME.
• En 2019, l'amélioration de la qualité et de la sécurité microbiologique de produits de la mer par la biopréservation a nécessité la caractérisation des communautés microbiennes, dans le cadre du projet Européen SAFEFISH DISH.
• En 2017, la thèse portait sur la description et le comportement des communautés bactériennes de la viande de poulet conservée sous atmosphère protectrice
• Deux thèses ont porté sur l'écologie microbienne de la crevette, une en 2009 et une autre en 2013, dans le cadre du projet ANR EcoBioPro, la caractérisation et la quantification moléculaires de l’écosystème microbien d’altération ont été effectuées sur du saumon cru et des crevettes cuites
• En 2008, des bactéries lactiques psychrotrophes ont été caractérisées en vue de leur utilisation dans la biopréservation des aliments.

Les personnes référentes à contacter :

• Emmanuel Jaffrès, Enseignant-chercheur à Secalim
• Boris Misery, Enseignant-chercheur à Secalim

Autres personnes impliquées sur ce thème :

• Hervé Prévost, Professeur à Secalim
• Marie-France Pilet, Professeur à Secalim