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Les flores bactériennes d’altération des aliments sont à l’origine d’accidents de fabrications industriels et limitent la durée de leur conservation (modification de la couleur, texture, saveur). L’altération provoque des pertes considérables qui impactent la compétitivité des entreprises. Le coût environnemental (énergie, eau, CO2) pour produire ces aliments jetés est également très important. Ces bactéries d’altération, hébergées dans des réservoirs environnementaux au sein même des usines (sols, murs, surface des machines, etc.), peuvent contaminer les denrées alimentaires au cours de la transformation.
Le projet ALTEROBIO a pour objectif de développer et valider une méthode moléculaire innovante (métabarcoding 16S et PCR quantitative), dans le but de caractériser les microbiotes de l’usine ainsi que du produit. Cette méthodologie permettra de réaliser une cartographie du microbiote de l’usine afin d’identifier les points critiques de contamination. Ces données seront utilisées afin de qualifier et d’améliorer les procédures de nettoyage et désinfection dans l’entreprise permettant de garantir ainsi un niveau de qualité des aliments optimale sur une plus grande durée. L’objectif est ici de réduire le gaspillage des denrées alimentaires et l’empreinte carbone relative à leur production.
Le projet ALTEROBIO met en œuvre cette stratégie dans la filière de production du saumon fumé et implique les entreprises Biofortis (MérieuxNutriSciences, Saint Herblain) et Thai Union-MerAlliance (Quimper), ainsi que des laboratoires de recherche publics : l’UMR SECALIM (Inra-Oniris, Nantes) et l'EM3B (Ifremer, Nantes).

Mots-clés : microbiote - usine - environnement - produits de la mer - altération - contamination