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La thèse d'Aurélien Maillet est financée dans le cadre du projet inter-régional Bretagne - Pays de la Loire ALTEROBIO.

Résumé de la thèse :

L’hygiène des surfaces est primordiale dans la démarche qualité des industriels de l’agroalimentaire. Les bactéries non pathogènes, capables de résider au sein des usines, sont en général non-identifiées mais peuvent être altérantes et contaminer les denrées à chaque étape de fabrication. Elles représentent donc un risque qui doit être maitrisé pour garantir la qualité et la sécurité des aliments. Dans ce travail, le saumon fumé a été utilisé comme modèle pour caractériser la diversité des communautés bactériennes des ateliers de transformation des aliments et des produits par metabarcoding de l’ADNr 16S. Une analyse comparative de différentes méthodes d’extraction de l’ADN et de techniques de prélèvement de surface a permis de définir leurs impacts sur les résultats d’une analyse de metabarcoding 16S. De ce fait, nous avons pu sélectionner les conditions méthodologiques de l’étude. L’analyse de la diversité des communautés bactériennes de différents lots de saumon fumé démontre un lien avec l’atelier de production dans lequel ils ont été transformés. Ceci suggère que les produits conservent une signature du microbiote de l’environnement de production. Enfin, une comparaison des communautés bactériennes des produits et de différentes surfaces de l’usine permet d’identifier les sources environnementales de contamination. L’utilisation de cette approche, en contexte industriel, peut permettre de mettre en œuvre des mesures correctives ciblées afin de réduire les risques d’altération des produits et le gaspillage alimentaire.

Valorisation :

• Maillet, A., P. Denojean, A. Bouju-Albert, E. Scaon, S. Leuillet, X. Dousset, E. Jaffrès, J. Combrisson and H. Prévost 2021. Characterization of bacterial communities of cold-smoked salmon during storage. Foods 10(2). https://doi.org/10.3390/foods10020362. Ranking du JCR: Q1 (JCR® 2019).
• Maillet, A., A. Bouju-Albert, S. Roblin, P. Vaissié, S. Leuillet, X. Dousset, E. Jaffrès, J. Combrisson and H. Prévost 2021. Impact of DNA extraction and sampling methods on bacterial communities monitored by 16S rDNA metabarcoding in cold-smoked salmon and processing plant surfaces. Food Microbiology 95. https://doi.org/10.1016/j.fm.2020.103705. Ranking du JCR: Q1  (JCR® 2019).