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Aurélien Maillet, actuellement Chargé de recherche Senior Microbiologie dans le groupe Mars, et doctorant dans le cadre d'une thèse Cifre avec la société Mérieux-Nutrisciences sur le projet ALTEROBIO, a soutenu brillamment sa thèse à Oniris le mardi 15 juin, devant le jury suivant :

Rapporteurs :

• Florence Dubois-Brissonnet, Professeur à AgroParisTech (UR INRAE Micalis)
• Christophe Chassard, Directeur de Recherches dans l'UMR INRAE sur le Fromage

Examinateurs :

• Graziella Midelet, Directrice de l'unité Bactériologie et parasitologie des produits de la pêche et de l'aquaculture à l'ANSES
• Olivier Firmesse, Chercheur et responsable de l'équipe Clostridium au sein de l'Unité Staphylococcus, Bacillus et Clostridium (SBCL) du Laboratoire de sécurité sanitaire des aliments de l'ANSES

 Encadrants :

• Hervé Prévost, directeur de thèse
• Emmanuel Jaffrès, co-encadrant
• Sébastien Leuillet, co-encadrant

Le sujet portait sur l'étude du microbiote de l'environnement de l'usine agroalimentaire et de son impact sur la qualité et la sécurité des  aliments, et son application au modèle de saumon fumé.

Résumé de la thèse :

L’hygiène des surfaces est primordiale dans la démarche qualité des industriels de l’agroalimentaire. Les bactéries non pathogènes, capables de résider au sein des usines, sont en général non-identifiées mais peuvent être altérantes et contaminer les denrées à chaque étape de fabrication. Elles représentent donc un risque qui doit être maitrisé pour garantir la qualité et la sécurité des aliments. Dans ce travail, le saumon fumé a été utilisé comme modèle pour caractériser la diversité des communautés bactériennes des ateliers de transformation des aliments et des produits par metabarcoding de l’ADNr 16S. Une analyse comparative de différentes méthodes d’extraction de l’ADN et de techniques de prélèvement de surface a permis de définir leurs impacts sur les résultats d’une analyse de metabarcoding 16S. De ce fait, nous avons pu sélectionner les conditions méthodologiques de l’étude. L’analyse de la diversité des communautés bactériennes de différents lots de saumon fumé démontre un lien avec l’atelier de production dans lequel ils ont été transformés. Ceci suggère que les produits conservent une signature du microbiote de l’environnement de production. Enfin, une comparaison des communautés bactériennes des produits et de différentes surfaces de l’usine permet d’identifier les sources environnementales de contamination. L’utilisation de cette approche, en contexte industriel, peut permettre de mettre en œuvre des mesures correctives ciblées afin de réduire les risques d’altération des produits et le gaspillage alimentaire.