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Ecologie microbienne du saumon fumé et effet de l’environnement de production

Ecologie microbienne & saumon fumé
Une signature microbiologique associée à l’usine de production

La sécurité des aliments et la réduction des gaspillages alimentaires figurent parmi les enjeux associés à une alimentation saine et durable. La caractérisation des communautés microbiennes des aliments est nécessaire pour comprendre le processus de structuration des microbiotes alimentaires et identifier des leviers pour améliorer la sécurité et la qualité des aliments.

L’UMR SECALIM dispose d’expertises complémentaires en appréciation du risque et en écologie microbienne. Dans ce cadre, SECALIM a réalisé une analyse des microbiotes de quarante-cinq saumons fumés produits dans trois usines différentes, à l’aide des méthodes de séquençage de nouvelle génération. L’approche de metabarcoding a permis de mettre en évidence douze genres bactériens connus pour leur rôle dans l’altération du poisson. L’analyse a révélé que les microbiotes étaient constitués d’une communauté bactérienne commune à tous les saumons et que des spécificités qualifiées de signatures pouvaient être observées en fonction de l’usine de production.

Ces résultats suggèrent que l'environnement de transformation joue un rôle dans la structuration des communautés bactériennes présentes sur le saumon fumé avec des conséquences sur sur la qualité du produit fini.

Partenaires :

Cette étude a été réalisée par l’UMR INRAE SECALIM du Centre Pays de la Loire, dans le cadre du projet ALTEROBIO, financé par la Région Pays de la Loire, dans le cadre d’une thèse Cifre financée par l’Association nationale de la recherche et de la technologie (ANRT) et Biofortis Mérieux Nutrisciences.

Publication associée :

Maillet, A., P. Denojean, A. Bouju-Albert, E. Scaon, S. Leuillet, X. Dousset, E. Jaffrès, J. Combrisson and H. Prévost 2021. Characterization of bacterial communities of cold-smoked salmon during storage. Foods 10(2). https://doi.org/10.3390/foods10020362.