En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal Oniris

Site internet de l'UMR SECALIM

Microbiote du saumon fumé et des surfaces de production

Microbiote & environnement
La nécessité de standardiser et valider les méthodes d’analyse

Les approches de séquençage d'amplicons sont largement utilisées pour analyser l’écologie bactérienne des produits alimentaires. Ces méthodologies basées sur le séquençage d’une région spécifique de l’ADN bactérien (par exemple la région V3-V4 de l’ADNr 16S), permettent l’identification taxonomique (détermination du genre voire de l’espèce bactérienne) des bactéries analysées ainsi que leur abondance relative. Préalablement au séquençage, les échantillons doivent être prélevés et l’ADN extrait.

Dans cette étude, les bactéries ont été collectées sur deux types de matrice : un produit fini (le saumon fumé) ainsi que des surfaces de l’usine de production. Afin d’évaluer l’influence de la méthodologie sur la caractérisation des microbiotes du saumon fumé et des surfaces à son contact au cours de la transformation, Secalim a évalué l’efficacité de différents protocoles d'extraction de l'ADN ainsi que comparé différentes méthodes de prélèvements microbiologiques (écouvillon/éponge) sur des surfaces de divers matériaux.

Les analyses d’écologie ont révélé que les méthodes d'extraction de l'ADN avaient un effet sur les résultats de composition du microbiote du saumon fumé, notamment sur la diversité des bactéries identifiées. Les genres bactériens dominants sur cette matrice étaient Photobacterium, Serratia, Brochothrix, Carnobacterium et Staphylococcus. A contrario, les méthodes d’extraction n’influaient pas sur le microbiote des surfaces dont la composition ainsi que la richesse et la diversité étaient surtout affectées par les procédures de nettoyage et de désinfection appliquées dans l’usine. Concernant les méthodes de prélèvements, l’échantillonnage à l’éponge a permis la collecte de communautés bactériennes de surface plus riches et plus uniformes que par écouvillonnage. Les analyses d’écologie ont mis en évidence que le type de matériau, le nettoyage et la désinfection, et les dispositifs d'échantillonnage semblent affecter la composition de la communauté bactérienne, principalement composée par des bactéries responsables de l’altération du poisson.

Les méthodes de prélèvement microbiologique ainsi que d’extraction de l’ADN sont susceptibles d’influencer les résultats du séquençage et par conséquent l'analyse écologique de la structure des communautés bactériennes. Cette étude a ainsi confirmé l'importance de la standardisation de la méthodologie et la nécessité d'une validation analytique avant d’entreprendre des études basées sur du séquençage d’amplicons de l'ADNr 16S.

Partenaires :

Cette étude a été réalisée par l’UMR INRAE SECALIM du Centre Pays de la Loire, dans le cadre du projet ALTEROBIO, financé par la Région Pays de la Loire, dans le cadre d’une thèse Cifre financée par l’Association nationale de la recherche et de la technologie (ANRT) et Biofortis Mérieux Nutrisciences.

Publication associée :

Maillet, A., A. Bouju-Albert, S. Roblin, P. Vaissié, S. Leuillet, X. Dousset, E. Jaffrès, J. Combrisson and H. Prévost 2021. Impact of DNA extraction and sampling methods on bacterial communities monitored by 16S rDNA metabarcoding in cold-smoked salmon and processing plant surfaces. Food Microbiology 95. https://doi.org/10.1016/j.fm.2020.103705