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Les approches de séquençage d'amplicons sont largement utilisées pour analyser l’écologie bactérienne des produits alimentaires. Ces méthodologies basées sur le séquençage d’une région spécifique de l’ADN bactérien (par exemple la région V3-V4 de l’ADNr 16S), permettent l’identification taxonomique (détermination du genre voire de l’espèce bactérienne) des bactéries analysées ainsi que leur abondance relative. Préalablement au séquençage, les échantillons doivent être prélevés et l’ADN extrait.

Dans cette étude, les bactéries ont été collectées sur deux types de matrice : un produit fini (le saumon fumé) ainsi que des surfaces de l’usine de production. Afin d’évaluer l’influence de la méthodologie sur la caractérisation des microbiotes du saumon fumé et des surfaces à son contact au cours de la transformation, Secalim a évalué l’efficacité de différents protocoles d'extraction de l'ADN ainsi que comparé différentes méthodes de prélèvements microbiologiques (écouvillon/éponge) sur des surfaces de divers matériaux.

Les analyses d’écologie ont révélé que les méthodes d'extraction de l'ADN avaient un effet sur les résultats de composition du microbiote du saumon fumé, notamment sur la diversité des bactéries identifiées. Les genres bactériens dominants sur cette matrice étaient Photobacterium, Serratia, Brochothrix, Carnobacterium et Staphylococcus. A contrario, les méthodes d’extraction n’influaient pas sur le microbiote des surfaces dont la composition ainsi que la richesse et la diversité étaient surtout affectées par les procédures de nettoyage et de désinfection appliquées dans l’usine. Concernant les méthodes de prélèvements, l’échantillonnage à l’éponge a permis la collecte de communautés bactériennes de surface plus riches et plus uniformes que par écouvillonnage. Les analyses d’écologie ont mis en évidence que le type de matériau, le nettoyage et la désinfection, et les dispositifs d'échantillonnage semblent affecter la composition de la communauté bactérienne, principalement composée par des bactéries responsables de l’altération du poisson.

Les méthodes de prélèvement microbiologique ainsi que d’extraction de l’ADN sont susceptibles d’influencer les résultats du séquençage et par conséquent l'analyse écologique de la structure des communautés bactériennes. Cette étude a ainsi confirmé l'importance de la standardisation de la méthodologie et la nécessité d'une validation analytique avant d’entreprendre des études basées sur du séquençage d’amplicons de l'ADNr 16S.

Partenaires :

Cette étude a été réalisée par l’UMR INRAE SECALIM du Centre Pays de la Loire, dans le cadre du projet ALTEROBIO, financé par la Région Pays de la Loire, dans le cadre d’une thèse Cifre financée par l’Association nationale de la recherche et de la technologie (ANRT) et Biofortis Mérieux Nutrisciences.

Publication associée :

Maillet, A., A. Bouju-Albert, S. Roblin, P. Vaissié, S. Leuillet, X. Dousset, E. Jaffrès, J. Combrisson and H. Prévost 2021. Impact of DNA extraction and sampling methods on bacterial communities monitored by 16S rDNA metabarcoding in cold-smoked salmon and processing plant surfaces. Food Microbiology 95. https://doi.org/10.1016/j.fm.2020.103705