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Résumé :

Contrôler les bactéries altérantes des aliments, notamment les produits carnés crus, est un enjeu majeur pour les industries agroalimentaires. Les conditions de stockage de la viande sous différentes atmosphères exercent une pression de sélection et modifient le comportement et le développement des communautés bactériennes initialement présentes. Des méthodes de séquençage à haut débit, utilisées pour caractériser différents écosystèmes microbiens, ont été appliquées pour étudier la dynamique des communautés bactériennes de la viande de poulet au cours du stockage.Nous avons développé une méthode pour constituer des écosystèmes microbiens standards dont la composition a été déterminée par pyroséquençage du gène de l’ARNr 16S. La présence de Brochothrix thermosphacta et de Pseudomonas parmi les espèces dominantes a été confirmée et nous avons mis en évidence que Shewanella et Carnobacterium étaient sous dominantes. Nous avons sélectionné deux écosystèmes pour effectuer des challenges tests reproductibles sur de la viande de poulet conservée sous 3 atmosphères couramment utilisées. Une analyse métatranscriptomique et métagénomique a été réalisée afin de savoir “Quelles bactéries étaient présentes ?”, “Qu’étaient-elles capables de faire?” et “Qu’exprimaient-elles?” suivant les conditions.Nous avons ainsi pu évaluer l’impact des mélanges gazeux sur la dynamique bactérienne et les fonctions exprimées par les bactéries suivant les contaminants initiaux. Cela nous donne des pistes pour fournir des indications afin d’optimiser la conservation de la viande en contrôlant les écosystèmes microbiens.

Valorisation :

• Rouger, A., O. Tresse and M. Zagorec 2017. Bacterial contaminants of poultry meat: sources, species, and dynamics. Microorganisms 5(3): 50. Ranking du JCR: Q2 (JCR® 2018).https://doi.org/10.3390/microorganisms5030050
• Rouger, A., B. Remenant, H. Prévost and M. Zagorec 2017. A method to isolate bacterial communities and characterize ecosystems from food products: Validation and utilization in as a reproducible chicken meat model. International Journal of Food Microbiology 247: 38-47. Ranking du JCR: Q1. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2016.04.028.
• Rouger, A., N. Moriceau, H. Prévost, B. Remenant and M. Zagorec 2018. Diversity of bacterial communities in French chicken cuts stored under modified atmosphere packaging. Food Microbiology 70: 7-16. Ranking du JCR: Q1. http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2017.08.013.