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Résumé :

La fermentation au levain est une biotechnologie alimentaire ancienne qui conserve une image attractive pour la filière Boulangerie, Viennoiserie, Panification. L’écosystème levures – bactéries lactiques (BL) constitue une des clés de l’activité du levain et représente un véritable réservoir d’étude de la biodiversité inter et intra-spécifique. L’objectif de cette thèse est d’apporter des connaissances nouvelles sur la diversité bactérienne des levains de panification français, en particulier issus de la filière biologique. En premier lieu, l’étude de la dynamique des communautés microbiennes dans un levain de panification a permis de montrer sa relative stabilité au cours du procédé et du temps. Toutefois un changement de nature de farine provoque un changement partiel de la microflore du levain. Afin de réaliser un inventaire le plus exhaustif possible des espèces de BL présentes dans le levain, des méthodes microbiologiques traditionnelles et moléculaires comme la PCR en temps réel et le pyroséquençage ont été mises en œuvre sur 30 levains. Cette approche polyphasique a mis en exergue la prédominance de Lactobacillus sanfranciscensis dans les levains de panification français, issus ou non de l’agriculture biologique. Malgré la prépondérance de cette espèce, les pains fabriqués avec ces mêmes levains présentaient des caractéristiques physico-chimiques différentes. C’est pourquoi une caractérisation phénotypique et génotypique (PFGE, MLST) des souches de L. sanfranciscensis a été réalisée. Ces travaux ont montré une diversité des isolats entre les différents levains, sans pouvoir établir de lien entre la diversité génotypique et la diversité phénotypique.

Valorisation :

• Assohoun-Djeni, N. M. C., N. T. Djeni, S. Messaoudi, E. Lhomme, M. Koussemon-Camara, T. Ouassa, J. M. Chobert, B. Onno and X. Dousset 2016. Biodiversity, dynamics and antimicrobial activity of lactic acid bacteria involved in the fermentation of maize flour for doklu production in Côte d'Ivoire. Food Control 62: 397-404. Ranking du JCR: Q1. http://dx.doi.org/10.1016/j.foodcont.2015.09.037.
• Lhomme, E., A. Lattanzi, X. Dousset, F. Minervini, M. De Angelis, G. Lacaze, B. Onno and M. Gobbetti 2015. Lactic acid bacterium and yeast microbiotas of sixteen French traditional sourdoughs. International Journal of Food Microbiology 215: 161-170. Ranking du JCR: Q1. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2015.09.015.
• Lhomme, E., S. Mezaize, M. B. Ducasse, H. Chiron, M.-C. Champomier-Verges, S. Chaillou, M. Zagorec, X. Dousset and B. Onno 2014. A polyphasic approach to study the dynamics of microbial population of an organic wheat sourdough during its conversion to gluten-free sourdough. International Microbiology 17(1): 1-9. Ranking du JCR: Q3. https://doi.org/10.2436/20.1501.01.202.
• Lhomme, E., B. Onno, V. Chuat, K. Durand, S. Orain, F. Valence, X. Dousset and M.-A. Jacques 2016. Genotypic diversity of Lactobacillus sanfranciscensis strains isolated from French organic sourdoughs. International Journal of Food Microbiology 226: 13-19. Ranking du JCR: Q1. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2016.03.008.
• Lhomme, E., S. Orain, P. Courcoux, B. Onno and X. Dousset 2015. The predominance of Lactobacillus sanfranciscensis in French organic sourdoughs and its impact on related bread characteristics. International Journal of Food Microbiology 213: 40-48. Ranking du JCR: Q1. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2015.05.010.
• Lhomme, E., C. Urien, J. Legrand, X. Dousset, B. Onno and D. Sicard 2016. Sourdough microbial community dynamics: An analysis during French organic bread-making processes. Food Microbiology 53: 41-50. Ranking du JCR: Q1. http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2014.11.014.
• Michel, E., C. Monfort, M. Deffrasnes, S. Guezenec, E. Lhomme, M. Barret, D. Sicard, X. Dousset and B. Onno 2016. Characterization of relative abundance of lactic acid bacteria species in French organic sourdough by cultural, qPCR and MiSeq high-throughput sequencing methods. International Journal of Food Microbiology 239: 35-43. Ranking du JCR: Q1. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2016.07.034.