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Les événements récents liés à la pandémie de Covid19 nous montrent qu’il n’est plus possible de raisonner la santé de l’Homme sans intégrer celle de l’animal, et celles de l’ensemble des écosystèmes, puisqu’elles sont étroitement  interconnectées selon le concept One Health. La résistance aux antibiotiques acquise par le monde bactérien est un enjeu majeur de santé publique. L’usage des antibiotiques pour la santé animale et en médecine humaine peuvent générer des résistances aux antibiotiques des bactéries du microbiote de l’animal. Ces résistances sont susceptibles d’être transférées à l’Homme par le biais de l’alimentation. Les chercheurs de SECALIM suivent les flux microbiens depuis l’élevage jusqu’à l’aliment. C’est dans ce cadre que les scientifiques de l’UMR BIOEPAR, et de SECALIM ont réuni leurs compétences en santé animale et en microbiologie des aliments, pour établir les profils d’antibiorésistance de bactéries du genre Pseudomonas, un des genres dominants du core-microbiote de filets frais, levés en usine ou en conditions stériles de laboratoire, de truites arc-en-ciel provenant de deux sites d’élevage (voir étude précédente). Les cinquante-et-un isolats bactériens identifiés par qPCR et par spectrométrie de masse MALDI-TOF, appartenaient majoritairement au groupe Pseudomonas fluorescens.  Leur résistance a été évaluée vis-à-vis de dix antibiotiques. Sur les 51 isolats, équitablement retenus entre les deux sites d’élevage, 21 ont été considérés comme résistants, en particulier à la céftazidime et à la colistine, des antibiotiques utilisés en médecine humaine. Sept isolats se sont révélés hautement résistants à des antibiotiques utilisés en aquaculture (oxytétracycline, florfenicol et sulfonamides) et en dernier recours pour la médecine humaine (colistine). La résistance des Pseudomonas était majoritairement associée à un seul antibiotique (47,5%), plus rarement à deux antibiotiques (17,6%) et seulement 2,0% des isolats présentaient une triple résistance. Une analyse en correspondance multiple n’a pas permis de mettre en évidence de corrélation entre le profil d’antibiorésistance, le site d’élevage ou le site de transformation. 

A la lumière de cette étude, le nombre d’isolats multi-résistants observés de Pseudomonas du groupe fluorescens est faible et les profils de résistance apparaissent sans relation avec l’origine de ces filets frais (site d’élevage et site de transformation). Une meilleure compréhension du rôle de ces bactéries dans la dissémination de l’antibiorésistance, entre les truites arc-en-ciel et l’Homme, nécessitera la caractérisation des éléments génétiques des populations de Pseudomonas, à l’aide d’approches de séquençage à l’échelle du génome entier.

Publication associée : Oberle, K., Bouju-Albert, A., Helsens, N., Pangga, G., Prevost, H., Magras, C., Calvez, S. 2021. No evidence for a relationship between farm or transformation process locations and antibiotic resistance patterns of Pseudomonas population associated with rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Journal of Applied Microbiology. doi: 10.1111/jam.15344

 Financement et partenariat : cette étude a été réalisée par les unités INRAE-Oniris SECALIM et BIOEPAR dans le cadre du projet FOOD RESISTOME, avec le soutien financier du RFI Food For Tomorrow (Région des Pays de la Loire).