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L’acquisition croissante de résistances aux antibiotiques par les bactéries pose une nouvelle question, celle de la place de la denrée alimentaire comme une potentielle source de transmission. En effet, la composition en gènes de résistances de la flore bactérienne naturelle de la denrée peut être impactée par son environnement de production. La filière aquacole est un modèle intéressant car elle peut être considérée comme une interface entre l’environnement (effluents de station de traitement des eaux, cultures, élevages, eaux des rivières etc…) et le filet de poisson. Le projet FoodResistome nécessite la mise au point d’une combinaison de techniques de biologie moléculaire, de microbiologie et de biochimie afin de décrire, à différents points de la chaîne de production, le profil du filet de truite arc-en-ciel à travers la diversité de ses communautés bactériennes, la présence et la nature des gènes de résistance dans ces communautés et les niveaux de résidus d’antibiotiques.

Mots-clés :

Résistance antibiotique - filière aquacole - produits de la mer - microbiote