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Résumé :

Le saumon frais et les crevettes cuites commercialisés dans la grande distribution sont souvent présentés sous forme de portions conditionnées sous vide ou sous atmosphère enrichie en CO2. Cette atmosphère protectrice inhibe la croissance de certaines bactéries, cependant, d’autres bactéries tolérantes au CO2 vont dominer le microbiote d’altération de ces produits. L’objectif de cette thèse a été d’approfondir la connaissance de la flore à l’origine de leur altération.
La description de l’écosystème microbien d’altération des pavés de saumon et des crevettes tropicales cuites a été réalisée à l’aide de méthodes microbiologiques traditionnelles et moléculaires comme la PCR-TTGE et le pyroséquençage. Les bactéries lactiques, notamment Lactococcus piscium, Carnobacterium maltaromaticum, Carnobacterium divergens, Lactobacillus sakei ainsi que des bactéries à Gram négatif comme Photobacterium phosphoreum et des entérobactéries (Serratia spp.) ont été considérées comme groupes bactériens dominants au moment de l’altération du saumon cru sous atmosphère protectrice par ces deux types de méthodes. Shewanella baltica et C. maltaromaticum étaient les bactéries majoritairement présentes dans les crevettes tropicales cuites entières altérées alors que les bactéries lactiques comme Carnobacterium spp., Leuconostoc spp. et Streptococcus parauberis constituaient le groupe bactérien dominant des crevettes tropicales cuites décortiquées altérées analysées par pyroséquençage. Afin d’identifier les bactéries responsables de l’altération de ces produits, le potentiel d’altération de plusieurs de ces espèces a été étudié en réalisant des inoculations sur produits stériles. L’altération de ces échantillons a ensuite été caractérisée grâce à une combinaison de méthodes sensorielles, chimiques, microbiologiques et moléculaires. L’analyse des composés volatils par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS) a également été réalisée pour certains échantillons. C. maltaromaticum et S. baltica sont toutes deux impliquées dans l’altération des crevettes tropicales entières cuites et P. phosphoreum s’est révélée être la bactérie responsable de l’altération du saumon cru sous atmosphère protectrice.
Aucune méthode classique de quantification spécifique de P. phosphoreum n’étant disponible, une méthode de PCR en temps-réel combinée à un traitement préalable des échantillons au propidium monoazide (PMA) a ensuite été développée et appliquée avec succès, dans le but de dénombrer les cellules viables de cette bactérie dans des échantillons de saumon cru.

 Valorisation :

• Macé, S., J. Cornet, F. Chevalier, M. Cardinal, M. F. Pilet, D. X. and J. J. Joffraud 2012. Characterisation of the spoilage microbiota in raw salmon (Salmo salar) steaks stored under vacuum or modified atmosphere packaging combining conventional methods and PCR-TTGE. Food Microbiology 30(1): 8. Ranking du JCR: Q1. 
• Mamlouk, K., S. Macé, M. Guilbaud, E. Jaffrès, M. Ferchichi, H. Prévost, M.-F. Pilet and X. Dousset 2012. Quantification of viable Brochothrix thermosphacta in cooked shrimp and salmon by real-time PCR. Food Microbiology 30(1): 173-179. Ranking du JCR: Q1.
• Macé, S., J.-J. Joffraud, M. Cardinal, M. Malcheva, J. Cornet, V. Lalanne, F. Chevalier, T. Sérot, M.-F. Pilet and X. Dousset 2013. Evaluation of the spoilage potential of bacteria isolated from spoiled raw salmon (Salmo salar) fillets stored under modified atmosphere packaging. International Journal of Food Microbiology 160(3): 227-238. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2012.10.013. Ranking du JCR: Q1.
• Macé, S., K. Mamlouk, S. Chipchakova, H. Prévost, J.-J. Joffraud, P. Dalgaard, M.-F. Pilet and X. Dousset 2013. Development of a Rapid Real-Time PCR Method as a Tool To Quantify Viable Photobacterium phosphoreum Bacteria in Salmon (Salmo salar) Steaks. Applied and Environmental Microbiology 79(8): 2612-2619. 10.1128/aem.03677-12. Ranking du JCR: Q1.
• Mace, S., M. Cardinal, E. Jaffres, J. Cornet, V. Lalanne, F. Chevalier, T. Serot, M.-F. Pilet, X. Dousset and J.-J. Joffraud 2014. Evaluation of the spoilage potential of bacteria isolated from spoiled cooked whole tropical shrimp (Penaeus vannamei) stored under modified atmosphere packaging. Food Microbiology 40: 9-17. 10.1016/j.fm.2013.11.018. Ranking du JCR: Q1.
• Chaillou, S., A. Chaulot-Talmon, H. Caekebeke, M. Cardinal, S. Christieans, C. Denis, M. Helene Desmonts, X. Dousset, C. Feurer, E. Hamon, J.-J. Joffraud, S. La Carbona, F. Leroi, S. Leroy, S. Lorre, S. Mace, M.-F. Pilet, H. Prevost, M. Rivollier, D. Roux, R. Talon, M. Zagorec and M.-C. Champomier-Verges 2015. Origin and ecological selection of core and food-specific bacterial communities associated with meat and seafood spoilage. ISME Journal(9): 1105-1118. https://doi.org/10.1038/ismej.2014.202. Ranking du JCR: Q1.
• Macé, S., N. Haddad, M. Zagorec and O. Tresse 2015. Influence of measurement and control of microaerobic gaseous atmospheres in methods for Campylobacter growth studies. Food Microbiology 52: 169-176. http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2015.07.014. Ranking du JCR: Q1.
• Jérôme, M., S. Macé, X. Dousset, B. Pot and J.-J. Joffraud 2016. Genetic diversity analysis of isolates belonging to the Photobacterium phosphoreum species group collected from salmon products using AFLP fingerprinting. International Journal of Food Microbiology 217: 101-109. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2015.10.018. Ranking du JCR: Q1.