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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Thèse de Nassima Illikoud (2014-2018)

Nassima Illikoud
Caractérisation des gènes impliqués dans l’expression du potentiel d’altération des aliments chez Brochothrix thermosphacta (Directrice de thèse : M. Zagorec, co-encadrant : Emmanuel Jaffrès, co-encadrante : Marie-France Pilet)

Résumé :

L'altération microbiologique des aliments entraîne des pertes économiques considérables. Elle résulte du développement et du métabolisme de microorganismes produisant des odeurs, flaveurs, textures ou des couleurs indésirables. Brochothrix thermosphacta, est l’une des principales bactéries d.altération des produits carnés et de la mer. Elle produit des métabolites responsables d.odeurs désagréables, variant suivant les souches, les aliments et les communautés bactériennes qui l’entourent. Nous avons évalué sa diversité génétique et phénotypique au sein d.une collection de souches issues de diverses origines écologiques. Différentes méthodes ont discriminé les souches en groupes distincts, révélant une diversité significative. Cependant, celle-ci n’est pas liée à l’environnement dont les souches ont été isolées. Quatre souches représentatives de cette diversité ont été analysées par génomique comparative. Le contenu génomique est similaire, les différences résidant dans le contenu en phages et/ou plasmides et en composants de surface qui peuvent contribuer à leur adaptation écologique. Des mutations ponctuelles peuvent être responsables des différentes capacités à produire des molécules d’altération. Une étude transcriptomique a montré que les gènes différentiellement exprimés lors de la croissance sur une matrice viande ou produit de la mer codent des fonctions importantes pour la croissance et la survie sur ces niches spécifiques. L’analyse du volatilome a montré que B. thermosphacta produit différentes molécules responsables d.odeurs désagréables qui varient suivant la matrice. Par conséquent, nous avons montré un effet matrice plutôt qu’un effet souche sur le potentiel d’altération de B. thermosphacta.

Valorisation :

  • Illikoud, N., C. Klopp, A. Roulet, O. Bouchez, N. Marsaud, E. Jaffres and M. Zagorec 2018. One complete and three draft genome sequences of four Brochothrix thermosphacta strains, CD 337, TAP 175, BSAS1 3 and EBP 3070. Standards in Genomic Science 13: 22. Ranking du JCR: Q4. https://doi.org/10.1186/s40793-018-0333-z.
  • Illikoud, N., A. Rossero, R. Chauvet, P. Courcoux, M.-F. Pilet, T. Charrier, E. Jaffrès and M. Zagorec 2019. Genotypic and phenotypic characterization of the food spoilage bacterium Brochothrix thermosphacta. Food Microbiology 81: 22-31. Ranking du JCR: Q1. https://doi.org/10.1016/j.fm.2018.01.015.
  • Illikoud, N., R. Gohier, D. Werner, C. Barrachina, D. Roche, E. Jaffres and M. Zagorec 2019. Transcriptome and volatilome analysis during growth of Brochothrix thermosphacta in food: Role of food substrate and strain specificity for the expression of spoilage functions. Frontiers in Microbiology 10: 2527. Ranking du JCR: Q2. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02527.
Sujet Brocho

Caractérisation des mécanismes d’altération des produits carnés et de la mer par Brochothrix thermosphacta

Sujet de la thèse de Doctorat de Nassima Illikoud
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