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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Poste de Maître de conférences Ingénierie des Microorganismes d'Intérêt Technologique

Poste à paraître au Journal Officiel

Poste de MC Ingénierie des Microorganismes
Etablissement : Oniris, École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l’alimentation, Nantes- Atlantique - Grade de recrutement : Maître de Conférences - Section CNECA : 4 - Disciplines d’enseignement : Biotechnologie - Bioproduction - Microbiologie - Type de recrutement : MC

Département d’enseignement d’affectation : BPSA
Equipe d’enseignement d’affectation : UP MicroBioTech
Unité de recherche d’affectation : UMR SECALIM

ARGUMENTAIRE ET OBJECTIFS GENERAUX
L’utilisation des fonctionnalités positives des microorganismes apparait aujourd’hui comme une alternative possible pour répondre aux enjeux majeurs de production de denrées alimentaires dans des systèmes durables, tout en répondant à des caractéristiques nutritionnelles et sanitaires exigeantes. En effet, leurs aptitudes à la transformation (ferments traditionnels), leurs intérêts nutritionnels (probiotiques) ou de biopréservation (flores protectrices) permet d’apporter des solutions alternatives « clean label » à certains procédés. De plus, les récentes avancées sur la description et les fonctionnalités des écosystèmes microbiens qu’ils soient environnementaux, alimentaires ou intestinaux ont fait émerger le rôle bénéfique de certaines composantes de ces communautés. La compréhension de leurs activités au sein de ces écosystèmes, et de leurs interactions avec les autres micro- organismes reste à explorer pour envisager de nouvelles applications dans la production des denrées alimentaires.

L’Unité Pédagogique (UP) MicroBioTech intègre les enseignements de Microbiologie Alimentaire et Industrielle ainsi que les enseignements actuels de Biotechnologie de la Santé (Bioproduction, Ingénierie Cellulaire), dans l’objectif d'apporter les connaissances scientifiques, technologiques et réglementaires nécessaires à la conduite de bioprocédés alimentaires et non alimentaires sûrs et durables.

Elle contribue à la formation des Ingénieurs Oniris via l’acquisition des connaissances et compétences suivantes :

  • Etudier la biodiversité des flores technologiques et leurs propriétés fonctionnelles au service de l’innovation alimentaire
  • Analyser et comprendre les écosystèmes microbiens (alimentaires, environnementaux, humains…)
  • Mettre en oeuvre des bioprocédés alimentaires ou non alimentaires (industrie pharmaceutique, environnement, énergie)
  • Utiliser les fonctionnalités de biocatalyseurs (usines cellulaires, consortiums microbiens) pour la production de bioproduits (aliments fermentés, bioingrédients, biomédicaments) et la valorisation de bioressources
  • Assurer la qualité et la sécurité sanitaire d’un système de production des aliments (food chain) et de biomédicament

L’UMR Sécurité des aliments et microbiologie (SECALIM) INRA-Oniris mène depuis plus de 20 ans des travaux dans le domaine des flores positives et de leur application à la maîtrise de la qualité et de la sécurité des denrées alimentaires. Ils ont permis de sélectionner et caractériser des bactéries possédant des activités d’inhibition de micro-organismes pathogènes et/ou d’altération, et de valider certaines applications en produits alimentaires. L’UMR a un positionnement reconnu, nationalement et internationalement, dans ces domaines avec plus de 40 publications, une dizaine de thèses soutenues, la participation à 3 projets européens, 4 projets nationaux dont 2 ANR, 3 projets régionaux. Elle est également membre du réseau mixte technologique « Flores protectrices pour la conservation des aliments » depuis sa création en 2009. À l’interface de ses activités de recherche sur la caractérisation et le contrôle des communautés microbiennes et sur la mesure et l’interprétation des réponses des micro-organismes, les travaux de l’unité visent à mieux comprendre les activités et les interactions des flores positives au sein des écosystèmes microbiens pour développer les bases scientifiques nécessaire à leur utilisation raisonnée pour la production de denrées alimentaires, dans un objectif de maîtrise des risques sanitaires et d’altération.

MISSIONS

❖ ENSEIGNEMENT (192 heq TD) : Cours, TD, TP, Enseignements pluridisciplinaires, Enseignements par projets
Au sein de l’unité MicroBioTech, le/la Maitre de Conférences recruté-e aura pour mission de :

  • Renforcer les compétences des élèves ingénieurs en lien avec le secteur des bioIndustries alimentaires et non alimentaires, ainsi que les connaissances sur la diversité et les fonctionnalités des flores technologiques.
  • Développer des enseignements du domaine des bioproductions (produits fermentés, bioingrédients, ferments…)
  • Intégrer sur le cursus de formation, l’évolution vers un système agro-alimentaire durable par la valorisation des bioressources
  • Créer des enseignements liés à la conception et l’élaboration des produits « nouveaux » adaptés à la demande du marché via les biotechnologies et l’ingénierie cellulaire.

Ces enseignements impliquent des interactions avec d’autres unités du département BPSA (biochimie alimentaire industrielle et Physiologie fonctionnelle, cellulaire et moléculaire), le département GPA (génie des procédés alimentaires), et le département MSC (Management statistique et communication) via l’encadrement de projets ingénieurs en première, deuxième et troisième et la construction d’enseignement pluridisciplinaire. Le/la néo-recruté(e) participera ainsi au développement de nouveaux supports pédagogiques mutualisés intra et inter départements. Le/la Maitre de Conférences recruté-e participera à l'approche intégrée et pluridisciplinaire des sciences de l'alimentation à Oniris. Son activité s’intégrera dans le tryptique « Recherche Formation Innovation ».

❖RECHERCHE :
Le-la future MC travaillera en interaction avec les scientifiques impliqués dans les thématiques de caractérisation des communautés microbiennes et de mesure et interprétation des réponses des micro-organismes aux procédés de transformation des aliments. Dans un premier temps il-elle sera intégré-e aux actions de recherche de l’unité dans ces domaines et sera amené-e à développer des travaux visant à décrypter les mécanismes d’interactions entre les microorganismes à l’échelle de la cellule ou d’une communauté de microorganismes, en ciblant des fonctions participant à l’amélioration de la qualité et de la sécurité des denrées alimentaires. Les approches intègreront le criblage d’activités métaboliques d’intérêt par analyse génomique et/ou voie phénotypique, la détermination des fonctionnalités associées par mutagenèse, pouvant aller jusqu’à la production de métabolites par expression hétérologue.
La personne recrutée bénéficiera du réseau existant de l’unité dans le domaine des flores protectrices et des flores technologiques (unités du département MICA, réseau RMT). Il-elle sera encouragé-e à poursuivre et développer les collaborations au sein de l’établissement, notamment avec l’UMR GEPEA dans le domaine des biotransformations et des bioprocédés, et à élargir son réseau, notamment à l’international.

❖ INNOVATION : Formation et recherche transverse
Le néo-recruté sera acteur dans l’évolution des outils pédagogiques. Il permettra de faire évoluer l'enseignement en mettant en place des modules de formation basés sur la pédagogie innovante (vidéos, enseignement à distance, exercices de mise en situation, test d'auto-évaluation) à destination des étudiants ingénieurs, et éventuellement des industriels agro-alimentaires. En interaction intra et inter départements d’enseignement, il sera en charge de participer, voire de mettre en place des actions de formation permanente auprès des professionnels en bioproduction et biotechnologies. Au sein de l’unité de Recherche de rattachement, en lien avec les partenaires industriels et les projets transverses (ID4 Food, Hill, Manimal,…) ou encore le programme d'actions collaboratives RFIFood for Tomorrow / Cap Aliment, un effort particulier sera porté sur les pistes d’innovation liées aux potentialités de flores technologiques (souches pures ou consortia microbiens de composition et fonctionnalités caractérisées) pour l’élaboration de bioingrédients fonctionnels (produits fermentés, biopréservation, sensorialité, clean labelling, santé, ...) et la valorisation des bioressources.

PROFIL DU CANDIDAT SOUHAITE :

Le candidat devra justifier d’une connaissance approfondie des microorganismes d’intérêt technologique et de leurs fonctionnalités au service de l’alimentation, ainsi que dans le domaine des bioproductions alimentaires et non alimentaires. Des compétences en génomique et génétique microbienne seront appréciées. Titulaire d'un doctorat en procédés biotechnologies et alimentaires, microbiologie alimentaire ou assimilé, il devra faire preuve de réelles aptitudes pédagogiques et de bonnes capacités pour le travail en équipe dans un contexte international. Son parcours (doctoral, post-doctoral) permettra de démontrer son intérêt pour la recherche finalisée, son autonomie, son adaptabilité et sa polyvalence.