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Le projet EggToMeat vise à identifier l'impact des facteurs d'élevage sur le flux du microbiote tout au long de la chaîne de production de poulet, des œufs aux carcasses. Pour cela, deux conditions d'élevage (en intérieur vs plein air) seront comparées sur un même lot d'œufs embryonnés. La composition du microbiote sera déterminée par séquençage d'amplicons gyrB et/ou 16S rDNA sur une analyse longitudinale. Les points de prélèvement comprendront les coquilles d'œufs avant et juste après l'éclosion, les fientes de poussins 2 et 15 jours après l'éclosion, juste après l'accès à l'extérieur (jour 28) et au jour 42, et enfin, à l'abattoir (jour 63) les fientes, ceca et carcasses de poulets individualisés. Plusieurs paramètres zootechniques seront également surveillés. Une analyse multivariée des données collectées (séquençage d'amplicons, paramètres zootechniques) sera réalisée pour identifier les flux de microbiote tout au long de la chaîne de production. L'impact de l'accès aux parcours extérieurs sur la composition et la distribution du microbiote des coquilles d'œufs aux carcasses sera évalué et corrélé aux paramètres zootechniques. Cela devrait permettre d'identifier des leviers potentiels façonnant la composition du microbiote. Le microbiote collecté et stocké sera utilisable pour d'autres analyses, pour identifier ou isoler des espèces ou des souches d'intérêt. Le consortium englobe les différentes expertises nécessaires au projet. Les données collectées et le travail pluridisciplinaire réalisé au cours de ce projet d'un an serviront de base à la construction d'un projet plus ambitieux à soumettre à l'ANR.