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L’altération des aliments se traduit par une dégradation des qualités sensorielles (odeur, goût, texture) qui résulte principalement du métabolisme de bactéries dites altérantes et qui engendre des pertes alimentaires considérables pour les industriels de l’agroalimentaire. Brochothrix thermosphacta est une bactérie responsable de l’altération de nombreux produits de la mer et de produits carnés. Cette bactérie est un modèle pour les scientifiques de SECALIM qui cherchent à comprendre les capacités de cette bactérie à s’installer durablement dans l’environnement industriel notamment par sa capacité à former des biofilms. Dans le cadre de cette étude, il s’agissait de développer une méthode moléculaire précise et rapide dite de PMA-qPCR, qui permette de quantifier uniquement les cellules viables de Brochothrix présentes sur le saumon fumé à froid et responsables de son altération. Les outils permettant la détection spécifique et sensible ainsi que la quantification de cette bactérie dans les produits alimentaires sont très utiles, car la méthode de culture couramment utilisée pour quantifier les cellules viables de B. thermosphacta nécessite plusieurs jours d’incubation et peut sous-estimer les cellules qui ne seraient pas immédiatement cultivables. Les chercheurs de SECALIM ont conçu un nouveau jeu d'amorces PCR (Polymerase Chain reaction) permettant l’amplification et la quantification du gène rpoC présent en copie unique dans le génome de la bactérie. L'efficacité et la spécificité de cette PCR quantitative ont été comparées à celles obtenues pour deux autres jeux d'amorces déjà publiés, ciblant les gènes rpoC et rpoB. En combinaison avec un marquage de l’ADN bactérien à l’aide des colorants de viabilité PMA ou PMAxx, la qPCR s’est avérée spécifique et efficace, quels que soient le colorant et le jeu d’amorces utilisés, pour la quantification sélective de l’ADN des cellules vivantes en culture pure et dans des échantillons de saumon fumé à froid, permettant ainsi une discrimination efficace entre les cellules viables et les cellules mortes. La PMA/PMAxx-qPCR pourrait représenter un outil pertinent pour les producteurs de saumon fumé pour détecter rapidement et quantifier suffisamment tôt B. thermosphacta dans leurs produits avant que l’altération ne soit perceptible par le consommateur et ainsi limiter les pertes alimentaires. Enfin, cette méthode pourrait être adaptée à d'autres matrices telles que les produits carnés également très sensibles à l’altération due à B. thermosphacta.

Publication associée : Bouju-Albert, A., Saltaji, S., Dousset, X., Prévost, H., & Jaffrès, E. (2021). Quantification of viable Brochothrix thermosphacta in cold-smoked salmon using PMA/PMAxx-qPCR. Frontiers in Microbiology, 12 (1907). https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.654178

Partenariat et financement : Cette étude a été réalisée par l’UMR INRAE Oniris SECALIM et financée dans le cadre du projet régional ALTEROBIO financé par la Région Pays de la Loire.